Kota Bad Essen berada di Dataran Jerman Utara, akibat transisi banjaran pegunungan yang rendah ke dataran. Banjaran Wiehengebirge meliputi sekitar pertiga selatan kota dan mencapai ketinggian 211 m dpl. Titik tertinggi Wiehengebirge adalah di Brink in Lintorf yang hitam. Bagian utara kota rendah dengan ketinggian rata-rata 50 m dpl. Sungai Hunte mengalir melintasi bagian timur Bad Essen ke arah utara dan melintasi Terusan Mittelland di Wittlage.