Bupati Waropen adalah kepala daerah tingkat II yang memegang pemerintahan di Waropen bersama dengan Wakil Bupati dan 20 anggota Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Waropen. Bupati dan Wakil Bupati Waropen dipilih melalui pemilihan umum yang dilaksanakan 5 tahun sekali. Bupati Waropen saat ini adalah Yermias Bisai.
Dalam tumpuk pemerintahan, seorang kepala daerah yang mengajukan diri untuk cuti atau berhenti sementara dari jabatannya kepada pemerintah pusat, maka Menteri Dalam Negeri menyiapkan penggantinya yang merupakan birokrat di pemerintah daerah atau bahkan wakil bupati, termasuk ketika posisi bupati berada dalam masa transisi.
Potret lain Yermias Bisai sebagai Bupati Waropen, 2016
Catatan
^Menteri Dalam Negeri menetapkan pemberhentian sementara berdasarkan Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri RI Nomor 131.91-97 Tahun 2015 tertanggal 3 Februari 2015. Namun, pada 18 Juni 2015 oleh Menteri Dalam Negeri Surat Keputusan tersebut dicabut dan tidak berlaku lagi