Клуб був створений у 1989 році під назвою «Металург» за підтримки тодішнього директора Молодечнинського заводу порошкової металургії Геннадія Карпенка. «Металург» відразу вийшов у найсильніший дивізіон чемпіонату БРСР, а в 1991 став останнім переможцем Чемпіонату та Кубка БССР.
У 1992—2003 роках грав у Вищій лізі чемпіонату Білорусі (окрім 2000 року). У клубі починали кар'єру такі відомі гравці, як Олександр Вяжевіч, брати Володимир і Михайло Маковські. В середині 2000-х років через фінансові проблеми клуб опустився в другу лігу, де займав місця в нижній частині турнірної таблиці.
У сезонах 2009—2011 років команда показувала хороші результати, але не змогла отримати підвищення. У 2012 році проблеми з фінансуванням призвели до чергового падіння в нижню частину таблиці.
У 2011 клуб, який довгий час був відомий під назвою «Молодечно», розпочав виступати як «Забудова», взявши назву головного спонсора. У 2013 році знову змінив назву — на «Молодечно-2013». За «Молодечно-2013» почали грати переважно мінські футболісти, в той же час у чемпіонаті Мінської області була заявлена команда «Молодечно-ДЮСШ-4» (фактично фарм-клуб «Молодечно-2013»), де грали наймолодші вихованці молодечненського футболу[1].
У лютому 2015 року стало відомо, що «Молодечно-ДЮСШ-4» буде виступати у Другій лізі замість «Молодечно-2013». Нова команда почала виступати набагато стабільніше й відразу очолила таблицю групи А, де в результаті перемогла. У фінальному етапі «Молодечно-ДЮСШ-4» поступилася конкурентам й не зуміла вийти до першої ліги, посівши четверте місце. Напередодні початку сезону 2016 року «Молодечно-ДЮСШ-4» мала можливість заявитися в Першу лігу замість команд, які припинили існування, але відмовилася і продовжила виступи у Другій лізі. У сезоні 2016 року команда довгий час йшла на третьому місці, яке забезпечувало вихід до Першої ліги, але в двох останніх турах програла своїм основним конкурентом — «Клецьку» та «Німану-Агро» — і завершила сезон на п'ятому місці.
У сезоні 2017 року молодеченський клуб розпочав співпрацювати з Андрієм Іваненко, який раніше працював з такими клубами, як «Рогачов-МК» і «Крумкачи». Завдяки Іваненку команду поповнив ряд гравців з досвідом виступів у Вищій лізі, були організовані закордонні передсезонні збори й т.п. Однак, в чемпіонаті «Молодечно-ДЮСШ-4» не змогла здолати основних конкурентів і посіла підсумкове шосте місце. Після закінчення сезону стало відомо, що молодечненський клуб припиняє співпрацю з Іваненком.
У сезоні 2018 року команда складалася переважно з юнацьких футболістів, до яких було додано невелику кількість запрошених, серед яких досвідчений Олег Страханович. Тривалий час «Молодечно-ДЮСШ-4» перебувала на останньому місці, першу перемогу клуб здобув лише у 13-му турі. Однак пізні успіхи дозволили команді піднятися на середину таблиці і закінчити сезон на 9 місці з 15.
У сезоні 2019 року команда стала називатися «Молодечно». Зберігши лідерів, молодецький клуб посилився низкою нових гравців, у тому числі з досвідом виступів у Вищій лізі. Ставши одним із фаворитів, завдяки вдало проведеній другій половині сезону, молодецький клуб став третім, що дало право на наступний сезон вийти до Першої ліги через розформування мінського «Торпедо».