5 февраля 2007 было объявлено, что Калгэн будет обслуживать линии компании Continental Airlines из международного аэропорта Ньюарк Либерти, начиная с 2008 года. Калгэн закупила и использует 15 новых самолётов BombardierQ400[1].
Чарльз Калгэн (Charles J. Colgan) основал[2] FBO (Fixed base operator, сервисный центр для обслуживания пассажиров и проведения технического обслуживания и ремонта) «Colgan Airways Corporation» в аэропорту Манассас (Вашингтон) и Покипси в 1965. Компания начала предусмотренное обслуживание по контракту с IBM в 1970 между аэропортом Манассас и Покипси. В следующие 15 лет она разрослась и в 1986 была продана Presidential Airways.
Когда в 1991 Presidential Airways исчезла, Калгэн и его сын, Майкл Дж. (Michael J.) возобновили свой бизнес под маркой Colgan Air. Компания была основана и начала работать 1 декабря 1991. 1 июля 1997 она стала региональным подразделением Continental Airlines, работая под маркой Continental Connection.
Рейс 3407 авиакомпании Continental Airlines* 12 февраля 2009 Bombardier Q400, принадлежащий Colgan Air упал на жилой дом, находящийся на Long Street в Клэренс-Центре (штат Нью-Йорк), подлетая к международному аэропорту Ниагара (Баффало). Погибли 44 пассажира и пять членов экипажа, а также один человек, находившийся в доме[4]. Рейс выполнялся 74-местным самолётом Bombardier Dash 8 Q400 (Registration* N200WQ) с двумя турбовинтовыми двигателями, оснащённым системой противообледенения. Эта машина была введена в эксплуатацию в апреле 2008[5]. Экипаж не сообщал об аварийной ситуации перед крушением. Это был первый случай аварии на коммерческих самолётах с человеческими жертвами в США с августа 2006.