Мидделбург в конце XVI века был одним из наиболее значительных городов Нидерландов и центром стеклодувного дела. В 1581 году здесь была открыта первая стеклодувная печь в Северных Нидерландах, имени мастера Говарта ван дер Хаегена. Начиная с 1590 года, в Мидделбурге стали распространяться новые итальянские технологии изготовления стекла. Их совершенствование в конце концов и привело к созданию мидделбургским ремесленником Липперсгеем нового оптического прибора — телескопа. В начале Второй мировой город был сильно разрушен немецкими войсками.
С 2004 года в городе имеется филиал Утрехтского университета, называемый Академия Рузвельта (англ.Roosevelt Academy) и находящийся в бывшей ратуше. В здании бывшего аббатства находится Центр изучения Рузвельта[4](англ.Roosevelt Study Center)