Klub został założony w 1988 roku pod nazwą Atlético Yucatán.
W 2004 roku został reaktywowany pod nazwą Mérida FC przez braci Arturo i Mauricio Millet Reyes, na licencji drużyny Nacional de Tijuana.
Po sezonie 2004/2005 bracia Millet ogłosili fuzję z zespołem CD Irapuato ze względu na problemy ekonomiczne, takie jak słaba frekwencja podczas meczów i małe wsparcie od lokalnych władz. Jednocześnie stworzyli nową drużyną pod nazwą Mérida, występującą w lokalnej lidze stanu Jukatan, jak również otworzyli piłkarską szkółkę w Argentynie. Status profesjonalny klub Mérida uzyskał ponownie w sezonie 2006/2007, kiedy to przystąpił do rozgrywek czwartoligowych. Rok później rywalizował już w trzeciej lidze.
W czerwcu 2008 Arturo Millet zakomunikował, iż zespół Méridy będzie grał w drugiej lidze meksykańskiej, jednak już pod szyldem klubu filialnego pierwszoligowego Monarcas Morelia. Swoją decyzję argumentował chęcią utrzymania przez dłuższy czas drużyny piłkarskiej w mieście Mérida. Otrzymał także gwarancję, iż w przypadku awansu do meksykańskiej Primera División klub będzie mógł rozgrywać mecze w Méridzie. Od tamtego czasu większość składu drużyny stanowili młodzi gracze, niemieszczący się w pierwszej drużynie Morelii. W listopadzie 2008 zespół otrzymał odpowiedni certyfikat od Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej, pozwalający na ewentualną grę w najwyższej klasie rozgrywkowej.
W sezonie Clausura 2009 Mérida pokonała w dwumeczu finałowym fazy play–off Tijuanę łącznym wynikiem 1:0 (0:0, 1:0), zdobywając mistrzostwo drugiej ligi. Nie zagwarantowało to jednak klubowi awansu do Primera División, gdyż decydujący dwumecz musiał on rozegrać z mistrzem fazy Apertura 2008, Querétaro. Zespół Méridy ostatecznie zremisował 2:2 (1:2, 1:0), jednak okazał się gorszy w serii rzutów karnych i do najwyższej klasy rozgrywkowej awansowało Querétaro.
W grudniu 2010 bracia Millet oznajmili, że od rozgrywek Clausura 2011 klub będzie pełnił funkcję rezerw pierwszoligowego Atlante FC.
W 2015 roku klub zmienił nazwę na Venados FC oraz zmienił barwy z błękitnych na żółto-zielone.