Teluk Ujungbatu merupakan perairan yang disekitarnya terdapat pemukiman, pertambakan, industri wisata, aktifitas nelayan serta muara dari dua sungai, yaitu Sungai Wiso dan Sungai Sampok. Kondisi tersebut memberikan dampak terhadap kesuburan perairan di Perairan Teluk Ujungbatu. Kesuburan perairan yang berubah akan berpengaruh terhadap kandungan klorofil-a. Tujuan penelitian ini adalah mendeskripsikan sebaran klorofil-a secara horizontal pada saat pasang menuju surut. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober-November 2014  di Perairan Teluk Ujung Batu, Jepara menggunakan metode deskriptif. Penentuan lokasi stasiun pengambilan sample menggunakan metode purposive yang terdiri dari 12 stasiun. Data yang diamati adalah kandungan klorofil-a, suhu, DO, salinitas, kecerahan dan pH. Permodelan arus laut menggunakan software SMS 8.1. Pengolahan data menggunakan software ArcGIS 10.0 untuk menganalisis model persebaran. Berdasarkan hasil penelitian didapatkan  kandungan klorofil-a di Perairan Teluk Ujungbatu, Jepara sebesar 0,33284l-3,18176 mg/m3 dengan reratanya 1,057 mg/m3. Nilai kandungan klorofil-a relatif lebih tinggi pada stasiun yang berada dekat dengan muara sungai dan semakin kecil pada stasiun yang berada jauh dari muara sungai. Arah persebaran kandungan klorofil-a dominan ke arah barat daya, yang dipengaruhi oleh variabel hidrodinamika yaitu arus pasang surut, dengan kecepatan arus berkisar antara 0,0103 – 0,0973 m/detik.