Perubahan iklim disebabkan karena meningkatnya kandungan Gas Rumah Kaca seperti karbon dioksida (CO2), klorofluorokarbon (CFC), ozon (O3), dinitro oksida (N2O), metana (CH4), heksafluorida (SF6), hidrofluorokarbon (HFCS), perfluorokarbon (PFCS)). Diantara kedelapan gas tersebut, konsentrasi gas CO2 di atmosfer memiliki kontribusi terbesar yaitu lebih dari 55% dari total efek GRK yang ditimbulkan. Salah satu upaya pencegahan yang dapat dilakukan untuk menurunkan emisi GRK adalah dengan memanfaatkan lautan dan ekosistem pesisir sebagai penyerap CO2 alami (natural CO2 sink). Lamun merupakan tumbuhan laut yang berkontribusi terhadap penyerapan karbon melalui proses fotosintesis yang kemudian disimpan dalam bentuk biomassa pada bagian daun, rhizoma dan akar. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui jenis lamun, kerapatan dan tutupan lamun serta potensi penyerapan karbon dalam biomassa berupa jaringan atas substrat dan bawah substrat lamun yang dilakukan pada bulan Maret 2018 di Pulau Karimunjawa. Identifikasi jenis lamun dilakukan dengan melihat panduan buku seagrasswatch, kerapatan dan tutupan dilakukan dengan metode transek kuadran. Analisis kandungan karbon dilakukan dengan metode pengabuan. Hasil penelitian ditemukan 8 jenis lamun yaitu Enhalus acoroides, Cymodocea rotundata, Cymodocea serrulata, Thalassia hemprichii, Halophila minor, Halodule uninervis, Halophila ovalis dan Syringodium isoetifolium. Thalassia hemprichii dan Cymodocea rotundata memiliki nilai kerapatan tertinggi dengan kerapatan mencapai 450 ind/m2 dan 1204 ind/m2. Nilai biomassa dibagian bawah susbtrat berkisar 970,39 - 1.412.55 gbk/m2 yang lebih besar dibandingkan nilai biomassa lamun dibagian atas substrat berkisar 371, 88 - 546, 38 gbk/m2 diikuti nilai penyerapan karbon dibagian bawah substrat (akar dan rhizoma) berkisar antara 12,60 – 93,62 gC/m2, sementara kandungan karbon dibagian atas substrat (daun) berkisar antara 4,19 – 34,12 gC/m2. Total stok karbon di perairan Pulau Karimunjawa berkisar antara 1,28 ton karbon – 2,49 ton karbon atau sebesar 0,50 – 0,73 ton karbon/ha Climate change is caused by increasing greenhouse gases content such as carbon dioxide (CO2), chlorofluorocarbon (CFC), ozone (O3), dinitro oxide (N2O), methane (CH4), hexafluoride (SF6), hydrofluorocarbons (HFCS), perfluorocarbons (PFCS) )). Among the eight gases, the concentration of CO2 gas in the atmosphere has the largest contribution, which is more than 55% of the total GHG effects generated. One of the preventive measures that can be taken to reduce GHG emissions is to use the oceans and coastal ecosystems as natural CO2 sinks. Seagrass is a marine plant that contributes to carbon sequestration through photosynthesis which is then stored in the form of biomass in the leaves, rhizomes and roots. This research aims to know the types of seagrass, seagrass cover and potential density of biomass carbon of above the substrate (leaves) and below the substrate seagrass (roots and rhizomes) in March 2018 at Karimunjawa Island. The identification of seagrass types used guidance book of seagrasswatch and the identification of seagrass cover and density was carried out using transect quadrant method. Analysis carbon content used ashing method. The result of the present study found 8 species of seagrasses that Enhalus acoroides, Cymodocea rotundata, Cymodocea serrulata, Thalassia hemprichii, Halophila minor, Halodule uninervis, Halodule ovalis and Syringodium isoetifolium. Thalassia hemprichii and Cymodocea rotundata have the highest density value reached 450 ind/m2 and 1,204 ind/m2. Value biomass below substrate ranged from 970.39 to 1.412.55 gbk/m2  which is greater than the value biomass above the substrate ranged from 371, 88 - 546, 38 gbk/m2 followed by the value of the carbon adsorption in below the substrate (roots and rhizomes) ranged from 12.60 to 93.63 gC/m2, whilst the carbon content above the substrate (leaves) ranged from 4.19 to 34.12 gC/m2. Total carbon stock in the waters of Karimunjawa Island ranged from 1.28 – 2.49 tons of carbon or of 0.50 to 0.73 tons of carbon/ha.