Banjir merupakan peristiwa meluapnya air sungai dalam jumlah yang besar pada saat musim hujan. Wilayah DAS Bondoyudo adalah salah satu wilayah yang rawan banjir di Kabupaten Lumajang. Penelitian ini menggunakan metode rasional untuk menghitung debit limpasan di setiap wilayah penelitian dengan rumus sebagai berikut, Q=0,278.C.I.A. Dari hasil penelitian ini, wilayah yang tergenang banjir berdasarkan metode rasional yaitu Kecamatan Rowokangkung, Jatiroto, dan Kedungjajang. Pada tahun 2002 wilayah Kecamatan Rowokangkung dan Kedungjajang memiliki selisih debit limpasan yang berlebih sebesar 3,65 m3/s dan 2,23 m3/s. Sementara pada tahun 2013 terjadi peningkatan selisih debit menjadi 3,72 m3/s  dan 2,42 m3/s. Kecamatan Jatiroto juga berpotensi banjir pada tahun 2013 dengan selisih debit 0,35 m3/s. Dan pada tahun 2018 selisih debit pada masing-masing Kecamatan Rowokangkung, Kedungjajang, dan Jatiroto adalah 3,74 m3/s ; 2,54 m3/s; dan 0,39 m3/s. Besar pengaruh perubahan penggunaan lahan terhadap debit limpasan dihitung berdasarkan rumus persamaan regresi linier ganda dan dihasilkan dari perhitungan koefisien determinasi. Nilai koefisien determinasi dari Kecamatan Rowokangkung, Kedungjajang, dan Jatiroto adalah 92,5% , 93,1% , dan 92,4%.