Il campionato di Serie A 1999-2000 è stato l'undicesimo campionato di Serie A e la diciassettesima manifestazione nazionale che assegnasse il titolo di campione d'Italia. È iniziato l'11 settembre 1999 e si è concluso il 23 giugno 2000, con regolamento invariato rispetto all'edizione precedente. Nell'organico spicca l'assenza dei campioni d'Italia del Torino Calcetto: la società piemontese, in polemica con l'amministrazione comunale sull'utilizzo del PalaRuffini[1] non ha presentato domanda di iscrizione, venendo rimpiazzata dal ripescaggio del retrocesso Cagliari. La stagione torna a consegnare lo scudetto a una squadra laziale, ovvero il Genzano Calcio a 5 che grazie all'ampia rosa riesce a conquistare il titolo ai danni della Lazio.
Minor numero di sconfitte: Augusta, BNL, Genzano (5)
Migliore attacco: Augusta (158)
Miglior difesa: Roma RCB (63)
Miglior differenza reti: BNL (+56)
Maggior numero di pareggi: Jesina (12)
Minor numero di pareggi: Pescara (3)
Minor numero di vittorie: Afragola, Milano (5)
Maggior numero di sconfitte: Afragola (21)
Peggiore attacco: Reggio (83)
Peggior difesa: Afragola (133)
Peggior differenza reti: Afragola (-36)
Partita con più reti: Petrarca-Virtus Verona 8-9
Partita con maggiore scarto di gol: Augusta-Cagliari 9-2 (7)
Miglior serie positiva: ?
Risultato più frequente: 4-4, 3-1 (14 volte)
Totale dei gol segnati: 1670
Play-off
Formula
Ai play-off si qualificano le prime 10 squadre della serie A e le due vincenti dei due gironi di serie A2, ovvero Cotrade e Bellona. Le prime quattro classificate della serie A accedono direttamente dai quarti mentre le altre otto squadre disputano un turno in più. I vari turni si giocano con la formula dell'eliminazione diretta con gare di andata e ritorno. Il regolamento prevede che accedano ai quarti di finale le squadre che, nell'arco del doppio confronto, avranno realizzato il maggior numero di reti. In caso di parità,al termine del secondo incontro, si disputeranno due tempi supplementari da 5' ciascuno. In caso di ulteriore parità, passeranno il turno le squadre di categoria superiore o quelle meglio classificate al termine della stagione regolare.
Ai play-out parteciparono la 13ª e la 14ª classificata della serie A e le vincenti dei play-off della Serie A2 1999-00. Al termine del doppio confronto, il Divino Amore mantenne la massima categoria imponendosi in entrambe le partite sul CLT; il Reggio fu invece sconfitto dallo Stabiamalfi, retrocedendo in Serie A2.