Jouy si trova nella valle della Bièvre. Ad ovest, quando entra nel territorio comunale, il fiume è diviso in due bracci:
un braccio naturale a nord che attraversa il parco di Bas-Près, lungo avenue Jean-Jaurès, passando vicino alla stazione;
un braccio artificiale rialzato che passa sotto la ferrovia quindi sotto il ponte di Austerlitz sulla strada per Loges-en-Josas, quindi lungo la rue de la Libération, dalla parte opposta alla proprietà del castello che fa parte del campus di HEC, e passa sotto la linea ferroviaria vicino al passaggio a livello della rue Oberkampf. Questo braccio rialzato alimentava due mulini, il mulino Saint-Martin e il vecchio mulino in rue Oberkampf. Questi due mulini furono acquistati dall'industriale Christophe Philippe Oberkampf.
I due bracci si uniscono vicino al municipio. Il braccio singolo scorre poi lungo il lato nord di rue Jean Jaurès ed entra nella proprietà dell'INRA, dove si divide nuovamente.
Jouy-en-Josas ospita rinomati centri di ricerca e formazione come HEC Paris, il CRC (Centro di ricerca e studi per imprenditori), ÉA Tecomah (Scuola dell'ambiente e dell'ambiente di vita) e INRA (Istituto nazionale per la ricerca agronomica).