Nacque a Ferrara, fu un sperimentatore inquieto e un viaggiatore instancabile.[1] Le fonti settecentesche segnalano una data di nascita nel 1569, anche se questa è stata messa in dubbio sta studi recenti, secondo i quali l'artista potrebbe essere nato una decina di anni dopo.[2]
Secondo la tradizione si formò artisticamente sotto la guida di Giuseppe Mazzuoli, noto come il "Bastarolo", ma anche questa notizia è oggetto di verifiche da parte degli studiosi.
Verso la fine del Cinquecento conobbe e frequentò la scuola bolognese, con la quale restò a lungo in contatto grazie anche ai suoi lavori eseguiti presso la chiesa di San Salvatore a Bologna, intorno al secondo decennio del Seicento, che evidenziarono le sue derivazioni carraccesche.[3]
Verso i primi anni del XVII secolo, invece, Bononi si trasferì a Roma dove durante il suo soggiorno rimase influenzato dalle opere di Caravaggio, di cui realizzò varie copie, tra le quali il San Giovannino e la Deposizione. Dalle influenze caravaggesche, Bononi si allontanò grazie al suo perseguimento di un mondo favoloso e di luminosità irrealisticamente contrastata.[4]
Nella sua fase artistica successiva, durante la sua permanenza a Fano, operò nella basilica di San Paterniano, dove evidenziò elementi tardomanieristici impreziositi di innovazioni che anticiparono il barocco, culminati con Le storie di San Paterniano. Una caratteristica peculiare delle sue opere, infatti, risultò l'energia emotiva che trasudò da ogni figura e da ogni composizione.[1] Bononi fu anche un grande naturalista, difatti nelle sue opere, come il Miracolo di Soriano o l’Angelo custode, il sacro dialoga con la realtà quotidiana, le figure religiose sono contemporaneamente reali e umane.[5]
Nelle sue ultime opere mostrò segni di quella tendenza romantica che lo rese in qualche modo un seguace della Ferrara cavalleresca emblematizzata da Dosso.[3]
Giuliano Frabetti, L'autunno dei manieristi a Ferrara, Ferrara, Cassa di Risparmio di Ferrara, 1978, SBNRAV0055173.
Frances P Smyth, The age of Correggio and the Carracci: Emilian painting of the sixteenth and seventeenth centuries: National gallery of art, Washington; The Metropolitan museum of art, New York; Pinacoteca nazionale, Bologna, Cambridge, Cambridge Univ. Press, 1986, pp. 379-385, OCLC938700467, SBNCFI0051718.