L'agent Phil Coulson retourne au sein de l'organisation mondiale du maintien de l'ordre, le SHIELD (Strategic Homeland Intervention, Enforcement and Logistics Division - trad. litt. : Stratégie Habileté Intervention Exécution et Logistique Défensive). Il réunit alors une petite équipe d'agents, extrêmement bien entraînés, pour s'attaquer aux affaires ayant attrait à l'étrange et à l'inconnu. Mais leur route va rapidement croiser celle de CENTIPEDE, une organisation scientifique terroriste internationale qui tente de créer des super soldat...
Plusieurs mois ont passé depuis les événements de New-York. Phil Coulson, qui a survécu à son attaque par Loki, reprend du service sous la supervision de Maria Hill. Une équipe est alors constituée pour appréhender un homme montrant des capacités surhumaines. Skye, une hackeuse faisant partie d'un collectif secret voulant révéler les secrets du SHIELD, est également intéressée par l'individu.
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Les événements décrits par les personnages concernant l'attaque de New York proviennent du film Avengers.
L'équipe de Coulson part pour le Pérou, où un artefact classifié 0-8-4 (d'origine inconnue et aux capacités à déterminer) a été détecté. Sur place, des groupes armés se montrent également intéressés par la puissance de l'objet, visiblement une arme dévastatrice.
Le SHIELD transporte en secret le scientifique Franklin Hall quand le convoi est attaqué par un ennemi mystérieux et le physicien enlevé. L'équipe de Coulson retrouve le commanditaire, le milliardaire Ian Quinn, exilé à Malte. L'équipe ne veut pas risquer l'incident diplomatique et envoie donc Skye sur le terrain.
Des diamants ont été volés par un agent de terrain surentraîné à travers le monde. Coulson croit reconnaître le travail d'une ancienne protégée et veut se charger personnellement de l'affaire.
Épisode 5 : Scorch
Titre original
Girl in the Flower Dress (trad. litt. : « La fille en robe fleurie »)
Un magicien de rue pyrotechnicien et surveillé par le SHIELD est enlevé. L'équipe de Coulson découvre que l'agence a de nouveau été infiltrée par une légende du piratage informatique, qui se trouve être une vieille connaissance de Skye. Elle va devoir regagner leur confiance en les aidant à retrouver le magicien.
Deux pompiers sont retrouvés morts, leur corps en lévitation, après une surcharge électromagnétique dans les environs. L'agent Simmons comprend qu'il s'agit d'un virus chitauri mais elle est aussi condamnée. L'équipe de Coulson doit faire au plus vite pour empêcher que le SHIELD ne prenne des mesures pour limiter l'infection.
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Cet épisode peut être considéré comme un Crossover avec le film Avengers puisque l'un des artefacts extra-terrestre affronté par le groupe de super-héros est au cœur de l'intrigue.
L'équipe de Coulson se rend dans l'un des quartiers du SHIELD pour préparer une opération de terrain : Ward devra couvrir Fitz lors d'une mission visant à neutraliser une arme en Ossétie du Sud. Skye, quant à elle, découvre à quel point le SHIELD tient à garder le contrôle en gardant secrètes des informations cruciales.
Alors que l'équipe de Coulson est affairée à réparer les dégâts de l'attaque de Malekith sur Londres, elle est appelée en Norvège où un artefact asgardien a été retrouvé. Coulson part donc en Espagne retrouver un spécialiste des légendes nordiques.
En Utah, une femme est accusée d'avoir provoqué la destruction d'un accélérateur de particules en utilisant des pouvoirs télékinétiques. L'équipe de Coulson se rend sur place et prend en charge la scientifique qui est convaincue d'être possédée. Coulson insiste pour que May s'occupe de la détenue, ce qui surprend Skye.
Un stratège militaire s'évade de prison à la suite de l'intervention de trois soldats sous sérum Centipède. Coulson demande alors à Mike Peterson d'intégrer son équipe afin de pouvoir contrer la force des soldats dopés tandis que May craint que les sentiments personnels des uns et des autres affectent l'esprit de l'équipe sur le terrain.
Épisode 11 : Les Arcanes du souvenir
Titre original
The Magical Place (trad. litt. : « Le lieu magique »)
Coulson a été enlevé depuis 36 heures et son équipe cherche par tous les moyens à retrouver Centipede, avec de gros moyens débloqué par Fury en personne. L'agent Victoria Hand n'ayant pas confiance en Skye, elle la fait évacuer de l'avion, mais ses coéquipiers comptent sur elle pour agir de l'extérieur et retrouver Coulson, interrogé et torturé par les hommes de l'Extralucide.
Un appareil générateur de glace a été découvert dans l'académie du SHIELD formant les scientifiques de l'agence. L'équipe de Coulson est dépêchée sur place, ce qui permet à Fitz et Simmons de revenir sur leurs années passées. Pendant ce temps, Coulson et May partent pour Mexico retrouver le dernier agent du SHIELD en fuite connaissant la vérité sur les origines de Skye.
Lors d'une opération en Italie visant à retrouver Ian Quinn qui doit livrer un objet spécial dans un train, l'équipe de Coulson est découverte et se retrouve séparée alors que le train disparaît.
Skye est entre la vie et la mort. Coulson ne voit qu'un espoir : le traitement qu'il a subi pour être ramené à la vie. Pour infiltrer les locaux les plus secrets du SHIELD, il reçoit l'aide de l'agent Garrett, un vieil ami venu prendre en charge Ian Quinn.
Alors que Skye se remet et que Coulson est préoccupé par ce qu'il a découvert sur TAHITI, l'équipe est envoyée prêter main-forte à Sif, la guerrière asgardienne à la poursuite d'une dangereuse magicienne manipulatrice, Lorelei.
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L'épisode fait directement référence aux films Thor avec l'intervention de deux asgardiennes, Loreleï et Sif (interprétée par la même actrice que dans les films).
Épisode 16 : Haute Trahison
Titre original
End of the Beginning (trad. litt. : « La fin du commencement »)
L'agent Coulson appelle du renfort au SHIELD pour démasquer l'Extralucide parmi les noms d'une liste montée par Skye après étude d'agents rejetés par l'agence. Mais l'ennemi est encore prévoyant et renforce Deathlok, qui devient encore plus dangereux.
Le SHIELD est en crise interne et la confiance ne règne plus dans les rangs. L'agent Hand vise Coulson, suspecté d'être un agent dormant à la solde du plus vieil ennemi de l'agence (HYDRA), mais son équipe refuse de le croire.
Avec le SHIELD détruit aux yeux du monde, les agents utilisent leurs stratégies de repli avant que l'armée américaine ne vienne prendre le contrôle. Alors que Coulson décide de tout abandonner pour suivre un signal qui le mènerait vers Fury, Garrett continue de s'emparer des secrets du SHIELD.
Épisode 19 : Pour elle
Titre original
The Only Light in the Darkness (trad. litt. : « L'unique lumière dans les ténèbres »)
Ward rejoint son équipe et leur apprend que tous les détenus du SHIELD se sont évadés grâce à HYDRA. Coulson part donc traquer l'un des plus dangereux évadés, Marcus Daniels, avec qui il a une histoire très personnelle. Ward a ainsi les mains libres pour accomplir sa véritable mission.
Épisode 20 : Un ennemi si proche
Titre original
Nothing Personal (trad. litt. : « Rien de personnel »)
Coulson découvre que Ward est d'HYDRA et qu'il a enlevé Skye pour décrypter les données récupérées par l'équipe. Alors qu'il prévoit un plan d'attaque, le colonel Talbot arrive avec Maria Hill dans la base.
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Une mention de Pepper Potts et de Tony Stark au début de l'épisode est faite. Maria Hill est au téléphone avec la première et travaille pour le deuxième.
Coulson décide d'infiltrer les locaux de Cybertek afin d'obtenir des informations sur le projet Deathlok et de pouvoir traquer Garrett et Ward. Il va découvrir alors le secret de l'agent, et une partie des liens unissant les deux hommes d'HYDRA.
Épisode 22 : Le Commencement de la fin
Titre original
Beginning of the End (trad. litt. : « Le début de la fin »)
L'effet du sérum rend Garrett fou et mégalomane, ce qui fait douter Ward de ses objectifs. Alors qu'ils s'apprêtent à vendre le projet Deathlok et construire une armée de super-soldats, les survivants de l'équipe de Coulson préparent l'offensive. Fitz et Simmons, quant à eux, sont coincés dans un caisson au fond de l'océan et vont recevoir une aide inespérée de Nick Fury.
Référence(s)
Première mention du père de Skye (Dr Calvin Johnson) plus connu sous le nom de Calvin Zabo. Le docteur Calvin Zabo est connu dans les comics Marvel pour être un célèbre super vilain ennemi de plusieurs super héros dont Hulk et Thor. Son pseudonyme dans les comics est Myster Hyde[67].
Le fils de Deathlock tient le personnage de Hulk dans sa main. Hulk étant un des ennemis du Docteur Calvin Zero.
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