Aux États-Unis, la saison a été diffusée du au sur le réseau CBS.
Au Canada, la saison a été diffusée en simultanée sur le réseau Global[1].
Le , CBS commande neuf épisodes supplémentaires pour compléter la saison, soit un total de 22 épisodes[2],[3]. Elle fut finalement réduite à 21 épisodes.
À la suite d'une mission qui a mal tourné, Angus MacGyver et Jack Dalton perdent leur amie et collègue Nikki Carpenter ainsi qu'une toxine mortelle volée par le terroriste John Kendrick. Plusieurs mois s'écoulent et MacGyver récupère de ses blessures. Désormais opérant pour une officine secrète du gouvernement, la Direction des Services Extérieurs (DSE), les deux amis sont sous la supervision de l'administratrice Patricia Thornton. La trace de la toxine a été retrouvée dans un pays asiatique. De nouveau, Mac et Jack vont devoir prendre des risques pour retrouver l'arme mortelle. Ils engagent une hacker nommée Riley pour leur donner un appui électronique...
Sarah Adler, agent de la CIA et ancienne partenaire de Jack Dalton est portée disparue au Vénézuéla. Sous une couverture officielle de journaliste américaine, elle enquêtait sur les actions d'Alfredo Barrios, un ponte du Cartel. Désavouée par l'agence, le seul espoir de la récupérer est la Fondation Phénix. Mac et Jack, toujours aidés de Riley se rendent au Vénézuéla pour la faire évader d'une forteresse imprenable.
Mac, Jack et Riley sont envoyés en Malaisie par la Fondation Phénix pour retrouver un certain Ralph Kastrati, le banquier d'un groupuscule terroriste surnommé D77. Il est le seul à pouvoir fournir des informations pouvant mener à ce groupe célèbre pour plusieurs attentats à la bombe. Sur le point de le sortir de sa villa luxueuse, Ralph est atteint d'une balle par un sniper et une course poursuite s'engage entre les agents et leur témoin et les hommes de D77.
MacGyver et son équipe doivent retrouver d'anciens savants russes à Moscou afin d'empêcher une équipe de mercenaire de mettre la main sur une tête nucléaire expérimentale datant de l'époque soviétique.
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Elya Baskin a aussi joué dans la série originale de 1985. Il incarnait le personnage de Yuri Demetri.
Première apparition du personnage de Penny Parker, aussi présente dans la série originale.
MacGyver et son équipe doivent protéger une lanceuse d'alerte dont l'ancien patron vend des armes à des terroristes. Mais l'ex-employeur de la lanceuse d'alerte rend incontrôlable le train dans lequel elle est, ainsi que MacGyver et son équipe, afin de tous les tuer...
MacGyver se retrouve face aux démons du passé quand le Fantôme, le terroriste qui a assassiné le mentor de MacGyver, réapparait pour faire sauter le bâtiment de l'ONU.
MacGyver se fait passer pour un prisonnier pour aider un baron de la drogue à s'évader de prison afin qu'il le conduise à son centre d'opérations secret.
L'Organisation, l'entité mafieuse/terroriste qui emploie Nikki, envoie un tueurs à gages, connu sous le nom de "Suspect 218" et de son nom d'emprunt "Murdoc", afin de tuer MacGyver et tous ses proches. Ce contrat oblige MacGyver à révéler ses véritables activités à Bozer, son meilleur ami, qui ignorait jusqu'ici son véritable métier...
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Première apparition de Murdoc, némésis de MacGyver. Le personnage apparaissait dans plusieurs épisodes de la série originale, incarné par Michael Des Barres.
MacGyver et son équipe enlèvent Janis Lapa, le chef de l'organisation terroriste Dieva Roka, afin de neutraliser cette organisation avant qu'elle ne prenne de l'ampleur. Mais la réaction rapide et massive des troupes de Dieva Roka les obligent à aller se réfugier à l'ambassade américaine locale, qui est faiblement défendue et qui est rapidement assiégée par les terroristes...
L'équipe de la fondation Phénix profite d'un moment de repos pour aller faire un tour dans la ville natale de Mac. Alors que ce dernier intervient auprès d'une classe de collégiens, il fait la connaissance de Valérie, une petite génie ayant perdu sa mère et qui lui ressemble beaucoup. Malheureusement, elle est enlevée par un groupe de criminels.
Mac et Dalton découvrent que le père de Valérie travaillait autrefois pour ces gens en les aidant à faire passer de l'argent à la frontière ; il avait récemment décidé d'arrêter en raison de la dangerosité toujours plus accrue du boulot, mais ce refus a été mal vécu par le gang qui veut le forcer à travailler pour eux et ce de manière permanente. Comme toujours, grâce à leur ingéniosité, les membres de la fondation parviennent à démanteler le réseau de criminels et à libérer Valérie.
En guise de cadeau, Mac offre son ancienne cabane d'enfance à Valérie ainsi que son numéro si jamais elle souhaitait l'appeler. En échange, la jeune fille lui promet de prendre soin de l'endroit et d'être présente pour son père.
Alors que Noël approche, le Collectif, le groupe de hackers auquel appartenait Riley avant d'être arrêtée puis engagée chez Phénix, enlève la mère de l'informaticienne afin de la forcer à leur donner les moyens de déclencher une guerre nucléaire entre la Chine et les États-Unis...
Nikki refait surface après des mois de silence, et Sarah Adler fait appel à MacGyver et son équipe pour la capturer. Sauf que Nikki donne un mot de passe qui l'identifie comme étant un agent profondément infiltré de la CIA chargé d'identifier et d'arrêter la véritable taupe de l'Organisation: Chrysalide...
MacGyver et Jack capturent un criminel de guerre au Kazakhstan, mais leur hélicoptère est abattu par les hommes dudit criminel de guerre. Sans véhicules et avec un pilote blessé et les criminels à leurs trousses, un dangereux jeu de piste s'engage pour Mac et Jack. Par ailleurs, une nouvelle directrice est nommée pour diriger les opérations de la Fondation Phénix: Mathilda Weber, alias Matty...
Épisode 14 : Agent Double
Titre original
Fish Scaler (trad. litt. : « Ecailleur de poissons »)
MacGyver et son équipe doivent identifier un agent corrompu du FBI qui a fait accuser un innocent pour un meurtre qu'il a lui-même commis et tente par tous les moyens de les tuer.
Quand la filleule de Matty et son petit ami sont tués par le Zodiac, Matty envoie MacGyver et son équipe afin de le retrouver et de l'arrêter une fois pour toutes.
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Cet épisode est un bref crossover avec Hawaii 5-0 car on apprend que le Zodiac (tueur de l'épisode) était en relation avec le Dr Madison Gray, antagoniste principale de la saison 7.
On apprend également que Jack est ami avec Steve McGarrett.
Alors que MacGyver et Jack sont à la poursuite d'Aaron Deckard, un dangereux criminel fugitif multirécidiviste, ils se heurtent aux Colton, une famille de chasseurs de primes qui veulent également Aaron, mais qui ignorent complètement de quoi il est réellement capable.
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Première apparition des frères et de Mama Colton, aussi présents dans la série originale.
Alors que MacGyver et son équipe sont placés sur une simple mission de surveillance tranquille aux Pays-Bas — raison pour laquelle Bozer en fait également partie — ils assistent à une tentative d'attentat terroriste, qu'ils empêchent d'extrême justesse. Mais ils se retrouvent accusés du crime et traqués par l'AIVD, l'agence antiterroriste du Pays-Bas, et la police néerlandaise. Pour couronner le tout, la Fondation Phénix est obligé de les désavouer, ce qui contraint Mac et son équipe à infiltrer le QG de l'AIVD afin de prouver leur innocence...
MacGyver et son équipe travaillent avec le 5-0 afin d'aider la population d'Hawaï après un tremblement de terre, mais très vite, ils découvrent une équipe lourdement armée du renseignement chinois qui tente de profiter du chaos afin de voler des technologies militaires et des armes hautement confidentielles.
Macgyver se rend à Boston afin d'assister aux funérailles de son amie Frankie, morte dans l'explosion accidentelle de son laboratoire. Mais une fois sur place, il se rend compte que l'explosion était due à une bombe, et il découvre que Frankie est bel et bien vivante et qu'elle a dû simuler sa mort afin de tenter d'identifier ceux qui ont tenté de l'assassiner.
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Cet épisode réalisa la plus mauvaise audience de la saison.
La Fondation Phénix intercepte un message provenant du groupe terroriste Omnus et destiné à Murdoc pour assassiner une personne dénommée "L'Architecte". Afin de sauver la cible, MacGyver doit se faire passer pour Murdoc auprès des terroristes.
Murdoc parvient à faire évader son compagnon de cellule de prison, en lui confiant un travail : infiltrer le QG de la Fondation Phénix et éliminer MacGyver - le seul à l'avoir vaincu et à lui avoir survécu - et toute son équipe...
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Première apparition d'un des plus célèbres ennemis de MacGyver dans la série originale : le Docteur Zito.
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