Paul Flory wurde für seine umfangreiche wissenschaftliche Tätigkeit auf dem Gebiet der Polymerforschung bekannt. Seine Forschungen zum Verhalten von Polymeren in Lösung waren bahnbrechend. Zu seinen Leistungen zählen u. a. eine neuartige Methode, die vermutliche Größe eines Polymers in Lösung zu errechnen (Flory-Huggins-Theorie) sowie die Herleitung des Flory-Exponenten, der die Bewegung von Polymeren in Lösungen charakterisiert.
Um die Ortsvektoren von einzelnen Atomen in Makromolekülen zu beschreiben, ist es oft notwendig, kartesische Koordinaten (x, y, z) in allgemeine Koordinaten umzurechnen, wozu normalerweise die Flory-Umrechnung verwendet wird. Die Bindung im Peptid kann beispielsweise mit den x,y,z-Positionen jedes Atoms dieses Moleküls beschrieben werden. Mit der Flory-Umrechnung erhält man dieselbe dreidimensionale Beschreibung der Struktur des Peptids. Dazu muss man die Bindungslänge, den Bindungswinkel und den Öffnungswinkel kennen.
1933–1948: Tätigkeit in verschiedenen industriellen Forschungslaboratorien; 1938–40 als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität in Cincinnati