Nachdem Nevada als Bundesstaat den Vereinigten Staaten beigetreten war, wurde Henry Worthington zum ersten Abgeordneten des neuen Staates im US-Repräsentantenhaus gewählt. Bis 1980 gab es in diesem Staat nur einen Wahlbezirk. Worthington übte sein Mandat zwischen dem 31. Oktober 1864 und dem 3. März 1865 aus. Im Jahr 1865 wurde er zum Leiter der Zollbehörde im Hafen von Charleston (South Carolina) ernannt. Er war auch einer der Sargträger bei der Beerdigung von Abraham Lincoln. In den Jahren 1868 und 1869 diente Worthington als Gesandter in Uruguay und Argentinien; in dieser Funktion folgte er Alexander Asboth. Eine Kandidatur für den US-Senat scheiterte an nur zwei Stimmen. Henry Worthington starb am 29. Juli 1909 in Washington.