Nach dem Besuch der Grundschule in Glems/Metzingen sowie der Oberschule in Metzingen und Stuttgart erlangte Bauer am Karls-Gymnasium Stuttgart die Hochschulreife. 1944 wurde er als Flakhelfer eingesetzt, zum 20. April desselben Jahres trat er der NSDAP bei (Mitgliedsnummer 9.956.339).[2][3] Nach dem Zweiten Weltkrieg und seiner Entlassung aus der Kriegsgefangenschaft studierte Bauer Biologie und Geologie an der Universität Tübingen, wo er 1952 zum Thema Jahresrhythmische Schwankungen der Hitzeresistenz bei Pflanzensamen promovierte. 1950 heiratete er die Fotografin Isolde Mühlich, die er 1943 kennengelernt hatte. In den 1950er Jahren verfasste er erste Bücher und Schriften über Biologie und Geologie. In dieser Zeit betätigte er sich auch als Lehrer und Lehrerausbilder, insbesondere am Georgii-Gymnasium in Esslingen am Neckar.
1964 holte ihn der Fernsehproduzent Josef Göhlen zum Hessischen Rundfunk, wo er für das neu geschaffene Bildungsprogramm die Reihe Album der Natur moderierte. 1968 konzipierte er die Sendereihe Wunder der Erde, von der zunächst 89 Folgen im 3. hr-Fernsehprogramm liefen. Nach dem Tod von Bernhard Grzimek im Jahre 1987 übernahm Ernst W. Bauer am 8. September 1987 den Sendeplatz von Ein Platz für Tiere im 1. Fernsehprogramm der ARD. Wunder der Erde zeigte vor allem die als die schönsten eingestuften geologischen Plätze der Erde, aber auch Material über Tiere von Kameraleuten aus aller Welt wurde präsentiert. Der Erfolg von Ein Platz für Tiere konnte nicht wiederholt werden, dennoch liefen in den darauffolgenden 17 Jahren 95 Folgen dieser Sendereihe, zu der es auch regelmäßig Begleitbücher gab. Am 31. Dezember 2006 lief mit einem Beitrag über Alfred Wegener die letzte Folge dieser Reihe in der ARD. Die bekannte Titelmelodie der Serie stammte von Gerhard Narholz (unter dem Alias „John Epping“, Titel Heading For Success 1).[4]
Auch als Mitglied der Europäischen Akademie für Umweltfragen in Tübingen engagierte er sich für den Naturschutz.
Unter anderem war er auch Autor und Herausgeber von sämtlichen Biologiebüchern für Realschulen und Gymnasien des Schulbuchverlags Cornelsen. Sein „Vorzeigewerk“ war das Lehrbuch zur Humanbiologie.
Ernst Waldemar Bauer starb im Alter von 89 Jahren. Er wurde auf dem Friedhof Weiler Park in der Parksiedlung, einem Stadtteil von Ostfildern, beigesetzt.[5][6]
Werke
Bücher und Zeitschriften (Auswahl)
1960: Naturschutz und Schule, Zeitnahe Schularbeit. Landesanstalt für Erziehung und Unterricht, Stuttgart
1962: Wilde Höhlen der Schwäbischen Alb. Text zu landeskundlichen Lichtbildreihen, Landesbildstellen in Baden-Württemberg
1963: Birdland, Besuch in einem Vogelgarten. zus. mit Jeanette Rebau, Spectrum, Stuttgart/Schmiden
1964–1966: Mensch und Natur. Buchreihe, Bd. 1–4, Spectrum, Stuttgart
1964–1968: Zeitschrift Die Natur. Spectrum, Stuttgart
1965–1966: Das Bild der Natur. Buchreihe, Bd. 1–5, Spectrum, Stuttgart
1969: Ich will Biologe werden. Schreiber, Esslingen
1970: Bunter Tieratlas. Schreiber, Esslingen
1971: Höhlen – Welt ohne Sonne. Schreiber, Esslingen, Neuaufl. Maier, Ravensburg 1979 (Deutscher Jugendbuchpreis)
Bärbel Häcker, Eberhart Heiderich: 50 Jahre Naturschutzgeschichte in Baden-Württemberg: Zeitzeugen berichten. Ulmer, 2004, ISBN 978-3-8001-4472-3, S. 241.