2003/04 ging die neu gegründete A-Junioren-Bundesliga in ihre erste Saison. Sie wurde in drei Staffeln gespielt.
Am Saisonende spielten die drei Staffelsieger sowie der Vizemeister der Staffel Süd/Südwest um die deutsche Meisterschaft. Die Halbfinals wurden in Hin- und Rückspiel, das Finale in einem Spiel ausgetragen.
Die drei letztplatzierten Mannschaften der drei Staffeln stiegen in die Regionalligen ab.
Deutscher A-Juniorenmeister wurde der FC Bayern München, der sich im Finale gegen den VfL Bochum mit 3:0 durchsetzen konnte.