El partit no va obtenir representació a les eleccions al Parlament de Catalunya ni al Parlament Europeu de 1999, tampoc a les eleccions generals de l'any 2000 -a les quals es va presentar en coalició amb Els Verds-CEC[5]-, però si als comicis municipals de 1999, on va aconseguir 35 regidors. El 2003, feren coalició amb Iniciativa per Catalunya Verds (ICV-EUiA), i van contribuir a l'èxit electoral de la coalició, que va passar de 3 a 9 diputats, i prop del doble de suport popular. El llavors coordinador general d'EUiA, Jordi Miralles,[6] fou elegit diputat al Parlament de Catalunya. A les eleccions de 2006 i dins de la coalició amb ICV, EUiA va obtenir 2 diputats al Parlament de Catalunya, Jordi Miralles i Mercè Civit, i un senador, Joan Josep Nuet. A les eleccions municipals de 2007, va obtenir una alcaldia (Martorelles) i 70 regidors i regidores.
A la VI Assemblea Nacional d'EUiA, celebrada l'any 2012, es va escollir a Joan Josep Nuet com a coordinador general.[7] A les eleccions al Parlament de Catalunya de 2012, la coalició ICV-EUiA va obtenir 13 diputats, tres dels quals d'EUiA: Joan Mena, Lorena Vicioso i David Companyon, tots ells per la circumscripció de Barcelona. El 2015 van entrar a formar part de la coalició Catalunya Sí que es Pot, a la que també es va afegir ICV, Podem i Equo. En referència al Referèndum d'Autodeterminació de Catalunya, el Consell Nacional d'EUiA es va mostrar partidari de cridar a la participació.
A les eleccions generals de 2015, EUiA participà de la coalició En Comú Podem, obtenint dos diputats. L'any 2017 es va incorporar, com també ho va fer ICV, a Catalunya en Comú i a la coalició Catalunya en Comú Podem,[3] amb la qual va ser elegit diputat al Parlament Joan Josep Nuet.
L'any 2018 Nuet quedà apartat de la direcció de Catalunya i poc després la direcció nacional va decidir desvincular-se dels Comuns, després de considerar que ja no era una alternativa sobiranista i aprovà presentar-se al Congrés dels Diputats amb la coalició Esquerra Republicana de Catalunya - Sobiranistes.[8]
Després que Nuet abandonés la coordinació general d’EUiA l’any 2019, Hector Sánchez Mira i Mercedes Vidal Lago varen assumir el lideratge de l’organització com a co-coordinadors generals.[10] En el marc de la vuitena assemblea nacional d'EUiA[11] es va escollir de nou a Hector Sánchez i Mercedes Vidal com a co-coordinadors generals de l'organització i es va fer un emplaçament a totes les esquerres sobiranistes per construir un front ampli contra la sociovergència.[12] En l'acte de clausura hi varen participar Oriol Junqueras d'Esquerra Republicana de Catalunya i Dolors Sabater de Guanyem Catalunya.[13]
A les eleccions municipals de 2023, EUiA es presentà en diferents municipis amb Esquerra Republicana de Catalunya[14][15][16][17] i altres actors de l'esquerra sobiranista com és el cas de Guanyem Badalona.[18] En les eleccions generals de juliol de 2023, EUiA es presentà novament en coalició amb Esquerra Republicana de Catalunya.[19] si bé exclusivament sota el nom d'ERC [20]