Varian Gamma SARS-CoV-2

Negara-negara dengan kasus terkonfirmasi varian Gamma per 21 April 2021^[1]

Legenda:

1.000+ kasus terkonfirmasi

500–999 kasus terkonfirmasi

100–499 kasus terkonfirmasi

2–99 kasus terkonfirmasi

1 kasus terkonfirmasi

Tidak ada atau tiada data

Varian Gamma SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan P.1, 20J/501Y.V3, atau VOC-202101/02,^[2] adalah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19.^[3] Varian ini termasuk varian yang dianggap penting.

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Gamma bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik.^[4] WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).^[5]

Penemuan

Varian ini pertama kali ditemukan oleh Institut Penyakit Menular Nasional (NIID) Jepang pada 6 Januari 2021 dalam empat orang yang tiba di Tokyo yang telah berkunjung ke Amazonas, Brazil, empat hari yang lalu.^[6]^[7] Varian ini kemudian dinyatakan merebak di Brazil.^[6] Yayasan Oswaldo Cruz yang dijalankan negara Brasil mengonfirmasikan keyakinannya bahwa varian tersebut telah menyebar di hutan hujan Amazon^[8] dan telah beredar di sana sejak Juli 2020.^[9]

Sifat

Transmisi

Pusat Penemuan, Diagnosis, Genomik, dan Epidemiologi Arbovirus (CADDE) mengeluarkan artikel jurnal tentang sampel yang dikumpulkan dari Manaus antara November 2020 dan Januari 2021. Penelitian ini menunjukkan bahwa varian ini (P.1) sekitar 2,0 kali lipat (1,7–2,4 kali lipat) lebih menular dan terbukti mampu menghindari sekitar 32 persen (21–46 persen) kekebalan dari infeksi koronavirus sebelumnya sehingga memungkinkan terjadi reinfeksi. Peningkatan juga tampak pada tingkat kematiannya. Varian ini sekitar 50 persen (20–90 persen) lebih mematikan.^[10]^[11]^[12]

Mutasi

Mutasi asam amino varian Gamma SARS-CoV-2 yang dipetakan pada peta genom SARS-CoV-2 dengan sorotan pada bagian bulir

Mutasi pada varian Gamma
(hanya yang mengubah asam amino)
Gen	Nukleotida	Asam amino
ORF1a		S1188L
		K1795Q
		S3675hapus
		G3676hapus
		F3677hapus
ORF1b		P314L
ORF1b		E1264D
Bulir		L18F
		T20N
		P26S
		D138Y
		R190S
		K417T
		E484K
		N501Y
		D614G
		H655Y
		T1027I
		V1176F
ORF3a		S253P
ORF8		E92K
N		P80R
		R203K
		G204R
Sumber: Faria dkk. (2021),^[6] CoVariants^[13]
Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.^[14]

Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.^[15]

Varian ini terdiri dari 35 mutasi: 21 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, 1 mutasi sisipan, dan 10 mutasi bersinonim,^[6] yaitu 25 mutasi yang mengubah protein dan 10 mutasi yang tidak berdampak.^[16]

Efikasi vaksin

Seiring keberjalanan penelitian, kemampuan varian ini dalam menetralkan antibodi telah dievaluasi oleh ilmuwan dalam karya pracetak yang menunjukkan bahwa delapan orang yang telah diimunisasi oleh CoronaVac memiliki plasma darah yang kurang tanggap terhadap varian ini (P.1). Karena penelitian ini hanya memiliki partisipan sedikit, tidak dimungkinkan pembuatan kesimpulan statistik karena butuh lebih banyak partisipan.^[17] Para ilmuwan dari MIT, Harvard, dan Cambridge serta paramedis rumah sakit di Boston membenarkan bahwa orang-orang yang telah divaksinasi dengan Pfizer–BioNTech atau Moderna mengalami penurunan neutralisasi secara signifikan terhadap P.1.^[18]

Statistik

Kasus per negara (diperbarui 26 Juli 2021) GISAID ^[19]
Negara	Kasus terkonfirmasi	Kasus terakhir yang dilaporkan
Amerika Serikat	21.144	29 Juni 2021
Brasil	12.456	13 Juni 2021
Kanada	8.481
Belgia	1,518	1 Juli 2021
Meksiko	1.285	24 Juni 2021
Chili	2.149	13 Juni 2021
Spanyol	786	26 Juni 2021
Italia	551	29 Juni 2021
Belanda	518	17 Juni 2021
Kolombia	316	1 Juni 2021
Jerman	312	22 Juni 2021
Prancis	289	23 Juni 2021
Trinidad dan Tobago	250	15 Juni 2021
Argentina	236	12 Mei 2021
Guyana Prancis	225	11 Juni 2021
Inggris Raya	200	23 Juni 2021
Portugal	176	23 Juni 2021
Uruguay	171	15 April 2021
Swiss	162	21 Juni 2021
Aruba	116	20 Juni 2021
Jepang	108	13 Juni 2021
Suriname	108	25 Mei 2021
Swedia	70	14 Juni 2021
Paraguay	53	4 Mei 2021
Denmark	49	29 Juni 2021
Haiti	47	20 Mei 2021
Luksemburg	47	21 Mei 2021
Ekuador	36	18 Juni 2021
Kosta Rika	32	21 Mei 2021
Irlandia	27	27 Mei 2021
Peru	25	22 Februari 2021
Austria	24	10 Juni 2021
Malta	24	21 Juni 2021
Turki	23	29 Maret 2021
Bolivia	17	2 Juni 2021
Venezuela	17	26 Mei 2021
Republik Ceko	13	9 Juni 2021
Republik Dominika	12	10 Juni 2021
Israel	11	16 Mei 2021
Singapura	8	11 Juni 2021
Australia	7	25 April 2021
Selandia Baru	7	31 Mei 2021
Norwegia	7	15 Juni 2021
Polandia	7	19 Juni 2021
Kuwait	6	19 Januari 2021
Afrika Selatan	6	28 Desember 2020
Curacao	6	28 Mei 2021
Rumania	6	25 Mei 2021
Yordania	5	28 April 2021
Slovenia	4	31 Mei 2021
Taiwan	4	28 Januari 2021
Lituania	3	31 Mei 2021
Korea Selatan	3	3 April 2021
Cina	2	17 April 2021
Kroasia	2	19 April 2021
DR Kongo	2	12 Februari 2021
Finlandia	2	23 Mei 2021
Bangladesh	1	18 Februari 2021
Barbados	1	22 Mei 2021
Kepulauan Cayman	1	17 Juni 2021
Kepulauan Faroe	1	12 Januari 2021
Guam	1	30 April 2021
Guyana	1	18 Januari 2021
Filipina	1	21 Februari 2021
Puerto Riko	1	9 Juni 2021
Liberia	1	20 Juni 2021
Ghana	1	15 April 2021
Papua Nugini	1	5-7 April 2021
Arab Saudi	1	31 Januari 2021
Dunia (69 negara)	Jumlah: '51 557 '	Total per 22 Juli 2021

Penyebaran

Per 4 Juli 2021, tidak ada kasus varian Gamma di Indonesia.

Lihat pula

Referensi

^ Global Report P.1 (Laporan) (dalam bahasa Inggris). cov-lineages.org. 21 April 2021. Diakses tanggal 25 Juni 2021.
^ Public Health England (27 Februari 2021). "Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 27 Februari 2021.
^ "Third concerning coronavirus variant should be a 'wake up call' to the world, experts warn". The Telegraph (dalam bahasa Inggris). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 17 Januari 2021.
^ "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 30 Juni 2021.
^ Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia (15 Juli 2021). "#MerdekaBelajar di Twitter". Twitter. Diakses tanggal 18 Juli 2021. Varian tersebut terbagi atas dua kategori, yakni varian yang diperhatikan (variant of interest [VoI]) dan varian yang diwaspadai (variant of concern [VoC]).
^ ^a ^b ^c ^d Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales (12 Januari 2021). "Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings". Virological (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 23 Januari 2021.
^ "Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil". Japan Today (dalam bahasa Inggris). Japan. 11 Januari 2021. Diakses tanggal 14 Januari 2021.
^ Tony Winterburn (13 Januari 2021). "Brazil Confirms The Circulation Of A New 'Amazon Rain Forest' Variant Of The Coronavirus". euroweeklynews.com (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 14 Januari 2021.
^ Michelle Roberts (12 April 2021). "What are the Brazil, South Africa and UK variants and will vaccines work?". BBC (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 15 Januari 2021.
^ Andreoni, Manuela; Londoño, Ernesto; Casado, Leticia (3 Maret 2021). "Brazil's Covid Crisis Is a Warning to the Whole World, Scientists Say - Brazil is seeing a record number of deaths, and the spread of a more contagious coronavirus variant that may cause reinfection". The New York Times (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 3 Maret 2021.
^ Zimmer, Carl (1 Maret 2021). "Virus Variant in Brazil Infected Many Who Had Already Recovered From Covid-19 - The first detailed studies of the so-called P.1 variant show how it devastated a Brazilian city. Now scientists want to know what it will do elsewhere". The New York Times (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 3 Maret 2021.
^ Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DS, Mishra S, et al. (21 Mei 2021). "Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil". Science (dalam bahasa Inggris). 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. doi:10.1126/science.abh2644 . ISSN 0036-8075.
^ "Variant: 20J (Gamma, V3)". CoVariants (dalam bahasa Inggris). 28 Juni 2021. Diakses tanggal 30 Juni 2021.
^ Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: "Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides" (dalam bahasa Inggris). IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Diarsipkan dari versi asli tanggal 9 Oktober 2008. Diakses tanggal 5 Maret 2018.
^ Wise, Jacqui (16 Desember 2020). "Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857 . ISSN 1756-1833.
^ Rachmawati, Faidah; Urifah, Nurul; Wijayati, Ari (2009). Biologi untuk SMA/MA Kelas XII Program IPA. Jakarta: Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional.
^ Souza, William; Amorim, Mariene; Sesti-Costa, Renata; Coimbra, Lais; Toledo-Teixeira, Daniel (1 Maret 2021). "Levels of SARS-CoV-2 Lineage P.1 Neutralization by Antibodies Elicited after Natural Infection and Vaccination". The Lancet (dalam bahasa Inggris). doi:10.2139/ssrn.3793486. Diakses tanggal 3 Maret 2021.
^ Garcia-Beltran, Wilfredo F.; Lam, Evan C.; Denis, Kerri St.; Nitido, Adam D.; Garcia, Zeidy H.; Hauser, Blake M.; Feldman, Jared; Pavlovic, Maia N.; Gregory, David J.; Poznansky, Mark C.; Sigal, Alex; Schmidt, Aaron G.; Iafrate, A. John; Naranbhai, Vivek; Balazs, Alejandro B. (29 April 2021). "Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity". Cell (dalam bahasa Inggris). 184 (9): 2373–2383.e9. doi:10.1016/j.cell.2021.03.013 . Diakses tanggal 30 Juni 2021.
^ Templat:Web link

Pranala luar

Scholia memiliki profil tentang Varian Gamma SARS-CoV-2 (Q104819269).

[1] Global Report P.1 (Laporan) (dalam bahasa Inggris). cov-lineages.org. 21 April 2021. Diakses tanggal 25 Juni 2021.

[2] Public Health England (27 Februari 2021). "Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 27 Februari 2021.

[3] "Third concerning coronavirus variant should be a 'wake up call' to the world, experts warn". The Telegraph (dalam bahasa Inggris). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 17 Januari 2021.

[4] "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 30 Juni 2021.

[5] Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia (15 Juli 2021). "#MerdekaBelajar di Twitter". Twitter. Diakses tanggal 18 Juli 2021. Varian tersebut terbagi atas dua kategori, yakni varian yang diperhatikan (variant of interest [VoI]) dan varian yang diwaspadai (variant of concern [VoC]).

[Faria2021-6] Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales (12 Januari 2021). "Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings". Virological (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 23 Januari 2021.

[7] "Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil". Japan Today (dalam bahasa Inggris). Japan. 11 Januari 2021. Diakses tanggal 14 Januari 2021.

[8] Tony Winterburn (13 Januari 2021). "Brazil Confirms The Circulation Of A New 'Amazon Rain Forest' Variant Of The Coronavirus". euroweeklynews.com (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 14 Januari 2021.

[9] Michelle Roberts (12 April 2021). "What are the Brazil, South Africa and UK variants and will vaccines work?". BBC (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 15 Januari 2021.

[NYT-20210303-10] Andreoni, Manuela; Londoño, Ernesto; Casado, Leticia (3 Maret 2021). "Brazil's Covid Crisis Is a Warning to the Whole World, Scientists Say - Brazil is seeing a record number of deaths, and the spread of a more contagious coronavirus variant that may cause reinfection". The New York Times (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 3 Maret 2021.

[NYT-20210301-11] Zimmer, Carl (1 Maret 2021). "Virus Variant in Brazil Infected Many Who Had Already Recovered From Covid-19 - The first detailed studies of the so-called P.1 variant show how it devastated a Brazilian city. Now scientists want to know what it will do elsewhere". The New York Times (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 3 Maret 2021.

[cadde-p1-12] Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DS, Mishra S, et al. (21 Mei 2021). "Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil". Science (dalam bahasa Inggris). 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. doi:10.1126/science.abh2644 . ISSN 0036-8075.

[CoVariants-13] "Variant: 20J (Gamma, V3)". CoVariants (dalam bahasa Inggris). 28 Juni 2021. Diakses tanggal 30 Juni 2021.

[14] Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: "Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides" (dalam bahasa Inggris). IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Diarsipkan dari versi asli tanggal 9 Oktober 2008. Diakses tanggal 5 Maret 2018.

[15] Wise, Jacqui (16 Desember 2020). "Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857 . ISSN 1756-1833.

[16] Rachmawati, Faidah; Urifah, Nurul; Wijayati, Ari (2009). Biologi untuk SMA/MA Kelas XII Program IPA. Jakarta: Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional.

[17] Souza, William; Amorim, Mariene; Sesti-Costa, Renata; Coimbra, Lais; Toledo-Teixeira, Daniel (1 Maret 2021). "Levels of SARS-CoV-2 Lineage P.1 Neutralization by Antibodies Elicited after Natural Infection and Vaccination". The Lancet (dalam bahasa Inggris). doi:10.2139/ssrn.3793486. Diakses tanggal 3 Maret 2021.

[18] Garcia-Beltran, Wilfredo F.; Lam, Evan C.; Denis, Kerri St.; Nitido, Adam D.; Garcia, Zeidy H.; Hauser, Blake M.; Feldman, Jared; Pavlovic, Maia N.; Gregory, David J.; Poznansky, Mark C.; Sigal, Alex; Schmidt, Aaron G.; Iafrate, A. John; Naranbhai, Vivek; Balazs, Alejandro B. (29 April 2021). "Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity". Cell (dalam bahasa Inggris). 184 (9): 2373–2383.e9. doi:10.1016/j.cell.2021.03.013 . Diakses tanggal 30 Juni 2021.

[CovLineages1Jul-19] Templat:Web link

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

Varian Gamma SARS-CoV-2

Penemuan

Sifat

Transmisi

Mutasi

Efikasi vaksin

Statistik

Penyebaran

Lihat pula

Referensi

Pranala luar

A PHP Error was encountered

A PHP Error was encountered

A PHP Error was encountered