Varian Alpha SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan B.1.1.7, 20I/501Y.V1, atau VOC-202012/01 (baca § Nama), adalah sebuah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. Varian ini termasuk varian yang dianggap penting dan diperkirakan 40%–80% lebih mudah menular daripada varian asalnya (baca § Transmisi). Varian ini ditemukan pada bulan November 2020 dari sampel yang diambil pada September 2020 selama pandemi COVID-19 di Britania Raya; varian ini menyebar cepat pada pertengahan Desember dan dikorelasikan dengan pertambahan jumlah infeksi SARS-CoV-2 di negara tersebut. Varian ini juga tercatat memiliki mutasi yang lebih banyak daripada normalnya.[2]
Per Januari 2021, lebih dari setengah pengurutan gen SARS-CoV-2 dilakukan di Britania Raya.[3] Hal ini mempertanyakan tentang asal-usul varian dan kemungkinan varian penting lain yang tersebar di seluruh dunia.[4][5]
Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) melaporkan bahwa mereka telah menemukan dalam jumlah terbatas genom B.1.1.7 VOC-202012/01 dengan mutasi E484K[6] yang mereka sebut dengan Variant of Concern 202102/02 (VOC-202102/02).[7] Salah satu mutasinya (N501Y) juga ada dalam varian Beta dan Gamma.
Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Alpha bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik.[8] WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).[9]
Nama
Varian ini dikenal dalam berbagai nama. Dalam laporan pemerintah Britania Raya dan media massa, ia disebut dengan UK COVID-19 variant, UK coronavirus variant, UK variant,[10] atau (khususnya di luar Britania Raya) varian Britania Raya atau varian Inggris. Ia terkadang disebut varian Kent karena ditemukan pertama kali di Kent.[11][12]
Dalam dunia ilmiah, varian ini diberi nama the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01) pada awalnya oleh Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE),[13][a] tetapi diklasifikasikan ulang menjadi Variant of Concern (Variant of Concern 202012/01, disingkat VOC-202012/01) oleh Meera Chand dan koleganya dalam laporan yang dipublikasikan oleh PHE pada 21 Desember 2020.[16][b] Dalam laporan yang ditulis oleh Andrew Rambaut dkk. yang mewakili Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19, dengan alat Pangolin, varian ini disebut Lineage B.1.1.7,[18] sedangkan Nextstrain menyebutnya dengan 20I/501Y.V1.[19]
Mikrograf transmisi elektron warna semu dari varian Alpha. Peningkatan transmisi dipercaya akibat perubahan struktur bulir protein (warna hijau).
Varian ini ditemukan pertama kali pada awal Desember 2020 dengan menganalisis data genom akibat laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau sudah ada pembatasan skala nasional.[2][16]
Pelacakan mundur dengan bukti genetik menunjukkan bahwa varian ini muncul pada September 2020 dan kemudian meluas pada tingkat sangat rendah dalam populasi sampai pertengahan November 2020. Peningkatan jumlah kasus mulai dikaitkan dengan varian ini pada akhir November 2020 ketika Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) menyidiki laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau ada pembatasan skala nasional. PHE lalu menemukan suatu klaster yang terkait dengan varian ini menyebar cepat ke London dan Essex.[20]
Ada dugaan bahwa varian ini mungkin berasal dari pasien luluh imun sehingga virus punya waktu lama untuk memperbanyak diri dan berevolusi.[2][21][22][23]
Sifat
Gejala
Imperial College London menyidiki lebih dari sejuta orang di Inggris ketika varian Alpha sedang dominan dan menemukan banyak gejala yang terkait dengan Covid-19. Menggigil, tidak nafsu makan, sakit kepala, dan nyeri otot jamak ditemui pada penderita.[24]
Transmisi
Bagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya. (Maret 2021)
Perkiraan kemampuan penularan varian ini beragam. Dalam sebuah pracetak, London School of Hygiene & Tropical Medicine melaporkan bahwa varian ini 56% (50%–74%) lebih mudah menular daripada varian lain di antara tiga wilayah di Inggris (Inggris Timur, Inggris Tenggara, dan London) pada Desember 2020,[25] sedangkan artikel yang telah ditelaah sejawat menyimpulkan bahwa varian ini 75% (70%–80%) lebih menular di Britania Raya antara Oktober dan November 2020.[26]
Salah satu perubahan penting pada varian ini adalah N501Y,[27] yaitu perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[28] Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.[16]
Genetika
Mutasi asam amino varian Alpha SARS-CoV-2 yang dipetakan pada peta genom SARS-CoV-2 dengan sorotan pada bagian bulir
Mutasi pada varian Alpha (hanya yang mengubah asam amino)
Varian ini terdiri dari 23 mutasi: 14 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, dan 6 mutasi bersinonim,[16] yaitu 17 mutasi yang mengubah protein dan 6 mutasi yang tidak berdampak.[31]
Efektivitas vaksin
Per akhir 2020, beberapa vaksin Covid-19 sedang dikirim atau sedang dikembangkan.
Namun, seiring kemunculan mutasi, muncul keraguan tentang perlunya pengubahan vaksin. SARS-CoV-2 tidak bermutasi secepat virus influenza misalnya dan vaksin baru yang terbukti efektif pada akhir 2020 adalah jenis yang bisa disesuaikan jika perlu.[32] Pada akhir 2020, otoritas kesehatan Jerman, Britania Raya, dan Amerika Serikat serta para pakar percaya bahwa vaksin yang ada akan efektif terhadap VOC-202012/01 (varian ini) seperti varian sebelumnya.[33][34]
Per 20 Desember 2020, Kesehatan Masyarakat Inggris mengonfirmasi bahwa tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa varian baru ini akan tahan terhadap vaksin Pfizer–BioNTech yang sedang dipakai dalam vaksinasi Britania Raya dan masyarakat tersebut akan tetap terlindungi.[20]
Mutasi E484K
Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris melaporkan bahwa mereka menemukan beberapa genom VOC-202012/01 dengan mutasi E484K[6] yang juga muncul dalam varian Beta dan Gamma. Mutasi ini bisa mengurangi efektivitas vaksin.[11]
Statistik
Tabel
Kasus menurut negara (Diperbarui per 14 Juli 2021) GISAID[35]
Bagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya. (Maret 2021)
Kasus varian Alpha (B.1.1.7) mungkin lebih rendah di kebanyakan negara karena pengujian yang dipakai tidak membedakan varian ini dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, terlebih lagi banyak infeksi SARS-CoV-2 yang tidak terdeteksi sama sekali. Pengurutan RNA diperlukan untuk mendeteksi varian ini.[38]
Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.[39][40][41] Per 4 Juli 2021, terdapat 49 kasus di Indonesia yang terkena varian Alpha.[42]
^Nama ini ditulis sebagai VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01) oleh GISAID[14] dan ECDC.[15]
^Perbedaan di antara keduanya dijelaskan oleh PHE,
SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC).[17]
Referensi
^Global Report B.1.1.7 (Laporan) (dalam bahasa Inggris). cov-lineages.org. 25 Maret 2021. Diakses tanggal 25 Maret 2021.
^Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia (15 Juli 2021). "#MerdekaBelajar di Twitter". Twitter. Diakses tanggal 18 Juli 2021. Varian tersebut terbagi atas dua kategori, yakni varian yang diperhatikan (variant of interest [VoI]) dan varian yang diwaspadai (variant of concern [VoC]).Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link)
^"Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). 28 Januari 2021. Pada "Differences between a Variant of Concern and Varaint Under Investigation". Diakses tanggal 19 Februari 2021. Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
^Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: "Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides" (dalam bahasa Inggris). IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Diarsipkan dari versi asli tanggal 9 Oktober 2008. Diakses tanggal 5 Maret 2018.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^Rachmawati, Faidah; Urifah, Nurul; Wijayati, Ari (2009). Biologi untuk SMA/MA Kelas XII Program IPA. Jakarta: Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional.
![Negara-negara dengan kasus terkonfirmasi varian Alpha per 25 Maret 2021.[1] Legenda: 10,000+ kasus terkonfirmasi 5,000–9,999 kasus terkonfirmasi 1,000–4,999 kasus terkonfirmasi 500–999 kasus terkonfirmasi 100–499 kasus terkonfirmasi 2–99 kasus terkonfirmasi 1 kasus terkonfirmasi Tidak ada atau tiada data](Berkas:B.1.1.7_Cases_by_country_as_of_25_Mar_2021.svg)
_(cropped).jpg)
![[icon]](Berkas:Wiki_letter_w_cropped.svg){kind=small}
