Proses lahirnya Universitas Sains dan Teknologi Jayapura berawal dari didirikannya Akademik Tekhnik Pekerjaan Umum (ATPU) pada tanggal 7 Juli 1984 oleh Bapak Izaac Hindom yang saat itu menjabat sebagai gubernur Irian Jaya dan oleh Bapak Ir. As’ary Rumuson yang saat itu menjabat sebagai kepala kantor pekerjaan umum wilayah Irian Jaya.
ATPU saat itu mengelola 2 jurusan dengan jenjang diploma, yaitu jurusan teknik mesin dan teknik sipil, merupakan lembaga tinggi teknik pertama yang ada di Irian Jaya. Berselang tujuh tahun kemudian pada tanggal 22 Juni 1991 di bawah pengelolaan Yayasan Bhineka Tunggal Ika (YBTI) serta dipimpin oleh Gubernur Irian Jaya yang juga merangkap sebagai ketua Yayasan Bapak Drs. Jacob Pattipi dan direktur akademik Bapak Drs. M. Ali Kastella, M.MT. maka berdasarkan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No: 1386/0/1991 nama ATPU diganti menjadi ATJ (Akademik Teknik Jayapura).
Selanjutnya masih dalam era kepimpinan dwi tunggal Bapak Drs. Jacob Pattipi dan Bapak Drs. M. Ali Kastella, M.MT., seiring dengan meningkatnya kebutuhan masyarakat terhadap tenaga keteknikan terutama pada jenjang strata satu, maka empat tahun kemudian tepatnya pada tanggal 3 November 1995 berdasarkan surat keputusan Direktorat Jendral Pendididkan Tinggi No: 440/DIKTI/Kep/1995. ATJ yang tadinya berbentuk kelembagaan akademik berubah menjadi sekolah tinggi sehingga diberi nama Sekolah Tinggi Teknik Jayapura atau STTJ.
Selanjutnya empat tahun kemudian tepatnya pada tanggal 9 September 1999, di bawah kepemimpinan Bapak Drs. Jacob Pattipi sebagai ketua yayasan dan Bapak Drs. M. Ali Kastella, M.MT., sebagai rektor, berdasarkan Surat Keputusan Meteri Pendidikan dan Kebudayaan No: 152/0/0/1995, bentuk lembaga sekolah tinggi berubah menjadi Institut Sains dan Teknologi Jayapura atau ISTJ.
Namun perkembangan tidak berakhir sampai di situ pada tahun 2003 tepatnya pada tanggal 1 Oktober 2003, masih di bawah kepemimpinan dwi tunggal Bapak Drs. Jacob Pattipi sebagai ketua yayasan dan Bapak Drs. M. Ali Kastella, M.MT., sebagai rektor. Berdasarkan Surat Keputusan Mendiknas Republik Indonesia No: 162/D/0/2003. Kelembagaan melakukan sebuah perubahan kembali dari institut menjadi universitas, sehingga saat ini menjadi Universitas Sain dan Teknologi Jayapura atau USTJ.
Selanjutnya setelah berubah nama menjadi Universitas Sains dan Teknologi Jayapura atau USTJ, pengembangan sarana dan prasarana penunjang dan penyediaan fasilitas pendidikan berkembang pesat pada periode 2004 hingga awal 2012. Produk kepemimpinan dipegang secara rangkap oleh Bapak Drs. Ali Kastella, M.MT., baik sebagai ketua Yayasan Bhineka Tunggal Ika, sekaligus rektor Universitas Sains dan Teknologi Jayapura.
Kini Universitas Sains dan Teknologi Jayapura atau USTJ adalah salah satu kampus teknik terbaik di Papua. Dari hanya memiliki 150 mahasiswa sejak awal berdirinya, kini jumlah mahasiswa telah mencapai 4800 mahasiswa dan telah menghasilkan 10.000 alumni yang telah tersebar di berbagai lapangan pekerjaan.
Di samping itu Universitas Sains dan Teknologi Jayapura atau USTJ, telah dikenal luas memiliki ragam program studi teknik paling lengkap yang terdiri dari: Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan (FTSP). Yang memiliki program studi Teknik Sipil, Teknik Arsitektur, teknik Lingkungan, dan Teknik Perencanaan Wilayah dan Kota (Planologi).
Fakultas Teknologi Industri dan Kebumian (FTIK) yang terdiri dari: Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Pertambangan, dan Teknik Geologi. Selain Program Studi Teknik, USTJ juga menyelenggarakan Program Studi Ilmu Komputer yang antara lain terdiri dari: Teknik Informatika, Manajemen Informatika, Sistem Informasi. Serta Program Studi Sosial yang merupakan program studi unggulan, seperti: Ilmu Kesehatan yang tergabung dalam Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES). Akuntansi, Ilmu Pemerintahan, Ilmu Komunikasi, Sastra Inggris, dan Hubungan Internasional yang tergabung dengan Fakultas Ekonomi dan Sosial Politik (FESSOSPOL).
Selama dipegang oleh Bapak Drs. M. Ali Kastella, M.MT.,, USTJ juga ditunjang dengan fasilitas dan sarana pendidikan yang memadai, antara lain: Ruang Perpustakaan, Ruang Multimedia, Pusat Pelayanan Bahasa Inggris, Laboratorium Teknik dan Fisika, fasilitas bus kampus, serta memiliki tenaga-tenaga pengajar dan guru-guru besar yang berkualitas dan sarat dengan pengalaman.
Sejak April 2012 Bapak Drs. M. Ali Kastella, M.MT., melepaskan jabatannya sebagai rektor USTJ karena diangkat menjadi salah satu anggota Komisi VII DPR RI. Akan tetapi, dia masih menjadi ketua Yayasan Bhineka Tunggal Ika sebagai pengelola USTJ. Sedangkan posisi rektor USTJ kemudian digantikan oleh Bapak Drs. Usman A. Kastella, M.Si. Hingga ditahun 2014 terjadinya pengalihan jabatan dari Rektor sebelumnya menjadi Dr. Yuyun Nuriah Ali Kastella, M.Pd, yang menjabat hingga 2023.
Dalam rangka menyongsong era globalisasi, Universitas Sains dan Teknologi Jayapura tampil dengan Visi: Menjadikan USTJ sebagai perguruan tinggi yang berbasis teknologi yang diakui secara nasional dan unggul di kawasan Indonesia Timur tahun 2020.
Sedangkan misinya adalah:
· Menyelenggarakan pendidikan, pengajaran, penelitian, pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan tuntutan masyarakat.
· Menyelenggarakan pendidikan tinggi yang bermutu dan berdaya saing.
· Menyelenggarakan pengelolaan dan citra pendidikan yang mandiri dan akuntable.
· Menjunjung tinggi keluhuran budaya lokal dan pembangunan budaya nasional di tengah kehidupan masyarakat global.
Terdapat lima fakultas di Universitas Sains Dan Teknologi Jayapura ini, yakni
