Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia (UNUSIA) didirikan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 557/E/O/2014 pada 17 Oktober 2014 tentang Izin Pendirian Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia di Kota Jakarta Pusat Provinsi Daerah Khusus Ibu kota Jakarta yang diselenggarakan oleh Perkumpulan Nahdlatul Ulama.[2][3] UNU Indonesia resmi mendapat izin operasional pada tanggal 18 Juni 2015, bertepatan dengan 1 Ramadlan 1436 Hijriyah.[4]
Untuk mengembangkan pendidikan tinggi, Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) pada tahun 1998 membentuk sebuah yayasan yang diberi nama Yayasan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama (YPTNU) melalui SK PBNU Nomor 929/A.II.03/6/1998. Pada tahun 1999, yayasan ini bekerja sama dengan para tokoh NU merencanakan berdirinya Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) yang bertaraf internasional.
Gagasan besar itu kemudian mulai diwujudkan secara bertahap dengan berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama pada tahun 2003.
Pada tahun 2010, berdasarkan hasil Rapat Pleno PBNU di Wonosobo mewajibkan pengelolaan perguruan tinggi langsung menggunakan badan hukum Perkumpulan Nahdlatul Ulama. Oleh karena itu, Yayasan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama memmbubarkan diri dan seluruh asset yayasan termasuk STAINU Jakarta dikelola langsung oleh Perkumpulan Nahdlatul Ulama. Dalam penyelenggaraan perguruan tinggi, PBNU membentuk Badan Pelaksana Penyelenggara Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama yang menjadi kepanjangan tangan dari Perkumpulan Nahdlatul Ulama dalam menjalankan tugas pengganti yayasan dan mengusahakan berdirinya Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia di Jakarta.
Pada tahun 2015, Izin Penyelenggaraan Universitas diberikan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 557/E/O/2014 dengan 10 (sepuluh) Program Studi.
Pada tahun 2016 melalui Rekomendasi Kementerian Agama RIdan Rekomendasi Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi maka pengurus Besar Nahdlatul Ulama mengeluarkan Surat Keputusan penggabungan STAINU Jakarta ke Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia. Melalui SK Dirjen Diktis No. STAINU Jakarta Resmi menjadi Fakultas Agama Islam Nahdlatul Ulama Indonesia. Dengan penggabungan tersebut Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia mengelola 16 Program Studi.
Sampai dengan saat ini, Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia terus dikembangkan menuju universitas unggulan baik di lingkungan perguruan tinggi NU maupun di tingkat Nasional.
Legalitas
Penyelenggaraan UNUSIA Jakarta didukung oleh beberapa aspek legal yang di antaranya:
Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia republik Indonesia Nomor: AHU- 119.AH.01.08 Tahun 2013 tentang persetujuan Perubahan Anggaran Dasar dan Pengawas Perkumpulan Nahdlatul Ulama disingkat NU.
Akta Nomor 04 tanggal 10 April 2013 yang dibuat di hadapan Notaris Munyati Sulam, SH
Keputusan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama Tanggal 15 September 2016 No. 98/A.II.04.d/09/2016 tentang Pengesahan Struktur Badan Pelaksana Penyelenggara Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama (BPPPTNU) DKI Jakarta
Rekomendasi Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI No. 544/Dj.I/Dt.IV/PP.03.2/02/16 tentang Penggabungan STAINU Jakarta ke UNU Indonesia Jakarta
Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 557/E/O/2014 tentang Izin Pendirian Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia di Kota Jakarta Pusat Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta yang diselenggarakan oleh Perkumpulan Nahdlatul Ulama.
Rekomendasi Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Tanggal 04 Januari 2017 No. II/C/KL/2017 tentang Penyatuan Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama ke Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia
Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Tanggal 04 September 2017 Nomor: 4814 tahun 2017 tentang Izin Perubahan Nama Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama Jakarta menjadi Fakultas Agama Islam pada Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia.
Keputusan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama No. 201/B.II/07/11/2015 Tentang Penggabungan Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama (STAINU) Jakarta ke Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) Indonesia Jakarta
Keputusan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama Tentang STATUTA UNUSIA
(Indonesia) Huda (2015-04-27). "A.Nurul". Universitas Nahdatul Ulama Indonesia. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2018-04-05. Diakses tanggal 2018-04-04.