Pada 30 Januari 2009, Taufik mundur dari Pelatnas Cipayung, Setelah itu ia menjadi pemain profesional. Pada November 2012, Taufik membangun sebuah pusat pelatihan bulu tangkis yang bernama Taufik Hidayat Arena (THA), berlokasi di Ciracas, Jakarta Timur. Taufik juga kerap memberi kritik performa timnas, utamanya dari sektor tunggal putra.
Saat masih muda, ia bergabung dengan klub SGS, klub bulu tangkis di Bandung,Tempat ia berlatih di bawah bimbingan Iie Sumirat.
Pada usia 17 tahun ia memenangkan Brunei Terbuka dan mencapai semifinal Kejuaraan Asia 1998 dan Indonesia Terbuka. Pada tahun 1999, Taufik meraih gelar Indonesia Terbuka pertamanya. Pada tahun yang sama ia juga mencapai final All England dan Singapura Terbuka namun kalah di final dari rival beratnya Peter Gade dan seniornya di tim nasional Hariyanto Arbi.
Taufik meraih peringkat nomor satu dunia saat ia masih berusia 19 tahun pada tahun 2000 setelah menjuarai Malaysia Terbuka, Kejuaraan Asia, Indonesia Terbuka dan sekali lagi menjadi runner-up All England dimana ia dikalahkan oleh pemain Tiongkok, Xia Xuanze.
Olimpiade Sydney 2000
Taufik mengikuti kompetisi tunggal putra pada Olimpiade Musim Panas 2000 di Sydney. Di Olimpiade pertamanya, Ia tersingkir di perempat final oleh Ji Xinpeng dari Tiongkok.[2]
Taufik memenangkan medali emas tunggal putra di Olimpiade Musim Panas 2004 dengan mengalahkan Hidetaka Yamada dari Jepang dan Wong Choong Hann dari Malaysia di dua putaran pertama. Taufik mengalahkan Peter Gade dari Denmark 15–12, 15–12 di perempat final dan Boonsak Ponsana dari Thailand 15–9, 15–2 di semifinal. Bermain dalam pertandingan perebutan medali emas, Dia mengalahkan Shon Seung-mo dari Korea Selatan 15–8, 15–7 di final untuk memenangkan medali emas.
Pada tahun yang sama, Taufik berhasil mempertahankan gelar Indonesia Terbuka dengan mengalahkan Chen Hong 15–9, 15–3 di final dan meraih gelar Kejuaraan Asia keduanya.[3]
2005: Kejuaraan Dunia
Pada bulan Agustus 2005, ia memenangkan gelar tunggal putra di Kejuaraan Dunia dengan mengalahkan peringkat satu dunia Lin Dan dari Tiongkok 15–3, 15–7 di final. Dengan gelar tersebut, ia menjadi pemain tunggal putra pertama yang menyandang gelar Olimpiade dan Kejuaraan Dunia secara berturut-turut.[4]
2006–2007: Medali emas Pesta Olahraga Asia dan Pesta Olahraga Asia Tenggara kedua
Taufik meraih medali emas tunggal putra Pesta Olahraga Asia 2006 di Doha. Ia juga memenangkan Kejuaraan Asia 2007, dan medali emas tunggal putra Pesta Olahraga Asia Tenggara 2007 di Nakhon Ratchasima.[5]
Olimpiade Beijing 2008
Taufik berkompetisi di Olimpiade Musim Panas 2008 tetapi ia tersingkir di babak kedua oleh Wong Choong Hann dari Malaysia.[6]
Untuk keempat kalinya, Taufik mengikuti Olimpiade Musim Panas. Taufik berkompetisi di Olimpiade Musim Panas 2012 tetapi ia tersingkir di babak 16 besar oleh Lin Dan dari Tiongkok.
Media populer terkadang fokus pada persaingan yang dirasakan antara Taufik dan pemain Tiongkok Lin Dan, menyebut keduanya sebagai "saingan berat".[7][8][9] Ini terakhir kalinya Taufik mengikuti Olimpiade Musim Panas.
Pensiun
Taufik resmi mengakhiri karier sebagai pebulutangkis profesional pada tanggal 12 Juni 2013. Taufik gantung raket dengan kekalahan di babak pertama ajang Indonesia Terbuka 2013 di Istora Senayan.[10]
Keahlian pemain
Taufik mencatatkan namanya sebagai pemain tunggal putra dengan pukulan smash tercepat yang mencapai 305 km/jam pada Kejuaraan Dunia 2006 di Madrid, Spanyol.[11] Ia juga dikenal dengan pukulan backhand smash tercepat yang mencapai 206 km/jam,[12] banyak pemain lain yang mencoba untuk melakukan hal tersebut, tetapi belum ada yang sebaik Taufik. Taufik juga dapat melakukan pukulan drop shot dan permainan net dengan baik.
Ia menikahi Ami Gumelar, putri Agum Gumelar dan Linda Amalia Sari. Mereka telah dikaruniai seorang putri pada tanggal 3 Agustus 2007, yang kemudian diberi nama Natarina Alika Hidayat. Kelahiran putrinya ini tepat beberapa hari sebelum ia berangkat ke Kuala Lumpur, Malaysia untuk mengikuti Kejuaraan Dunia. Kemudian, mereka telah dikaruniai seorang putra pada tanggal 11 Juni 2010, yang kemudian diberi nama Nayottama Prawira Hidayat.[13][14]
Seri Super BWF, diluncurkan pada 14 Desember 2006 dan dilaksanakan pada tahun 2007,[34] adalah serangkaian turnamen bulu tangkis elit, yang disetujui oleh Federasi Bulu Tangkis Dunia (BWF). Seri Super BWF memiliki dua level yaitu Superseries dan Superseries Premier. Musim Superseries menampilkan dua belas turnamen di seluruh dunia, yang diperkenalkan sejak 2011,[35] dengan para pemain sukses diundang ke Final Superseries BWF yang diadakan pada akhir tahun.
Grand Prix BWF memiliki dua level, Grand Prix dan Grand Prix Gold. Ini adalah serangkaian turnamen bulu tangkis yang disetujui oleh Federasi Bulu Tangkis Dunia (BWF) sejak tahun 2007. Grand Prix Bulu Tangkis Dunia telah disetujui oleh Federasi Bulu Tangkis Internasional (IBF) sejak tahun 1983.