Selama pemerintahan Kaisar Ludwig IV, putranya Stephan bertugas sebagai vogt untuk Swabia dan Alsace. Kaisar telah memperoleh Brandenburg, Tirol, Holland dan Hainaut ke dalam kekuasaanya, tetapi ia juga membebaskan Oberpfalz untuk wangsa Wittelsbach cabang Pfalz Wittelsbach pada tahun 1329. Ketika ayahnya wafat pada tahun 1347, Stephan menggantikannya sebagai adipati Bayern dan Graf Holland dan Hainaut bersama dengan lima orang kakaknya. Ludwig IV telah menyatukan Bayern pada tahun 1340 tetapi pada tahun 1349 negara tersebut dipecah untuk anandanya menjadi Oberbayern, Niederbayern-Landshut dan Bayern-Straubing. Stephan II memerintah dari tahun 1349 sampai 1353 bersama dengan kakandanya Wilhelm I dan Albrecht I di Holland dan Niederbayern-Landshut, sejak tahun 1353 hanya di Niederbayern-Landshut.
Setelah perdamaian sementara Wittelsbach dengan Karl IV, Kaisar Romawi Suci, yang akhirnya menegaskan semua milik Wittelsbach, Stephan bergabung dengan ekspedisi Karl ke Italia pada tahun 1354. Tetapi segera Piagam Emas 1356 menyebabkan konflik baru karena hanya cabang Pfalz, Wittelsbach dan saudaranya Ludwig si Romawi sebagai markgrafBrandenburg dicadangkan sebagai kurfürst. Stephan II adalah putra terakhir Kaisar Ludwig IV yang dibebaskan dari pengucilan pada tahun 1362.
Ketika bangsawan Meinhard III, putra dari kakaknya Ludwig V si Brandenburg mangkat pada tahun 1363, Stephan II naik tahta juga di Oberbayern dan memecah Tirol. Untuk menguatkan posisinya melawan Rudolf IV dari Austria ia bersekutu dengan Bernabo Visconti. Stephan akhirnya melepaskan Tirol kepada Habsburg dengan perdamaian Schärding untuk kompensasi keuangan yang besar setelah Margarete Maultasch meninggal pada tahun 1369.
Konfliknya dengan kakaknya Ludwig si Romawi atas warisan Bavaria Meinhard akhirnya menyebabkan kerugian Brandenburg oleh dinasti Wittelsbach karena Ludwig kemudian menjadikan Karl IV sebagai pewaris di dalam kontrak. Akan tetapi Stephan menerima kakaknya Otto, Wittelsbach sebagai bupati Brandenburg yang terakhir, sebagai nominal dari wakil bupati ketika ia kembali ke Bayern pada tahun 1373. Karena kerugian Brandenburg, para bangsawan Baayern menerima kompensasi keuangan sekali lagi. Stephan digantikan oleh ketiga putranya.