Pada zaman pendudukan Belanda, sekolah ini dikenal sebagai AMS (Algemeene Middelbare School) afdeeling (bagian) B (ilmu pasti), kemudian pada zaman pendudukan Jepang, sekolah ini bernama Sekolah Menengah Tinggi Bagian B Yogyakarta. Baru pada masa setelah kemerdekaan, sekolah ini bernama Sekolah Menengah Atas Bagian B, dan seiring dengan perubahan kurikulum, pernah menggunakan nomenklatur SMU Negeri 3 Yogyakarta, dan sejak diterapkannya Kurikulum SMA Tahun 2006 hingga sekarang sekolah ini bernama SMA Negeri 3 Yogyakarta, dan berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 06 Tahun 2017 tentang Perubahan Atas Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 127 Tahun 2015 Tentang Penulisan Nama Organisasi Perangkat Daerah, sebutan untuk SMA Negeri 3 Yogyakarta adalah SMAN 3 Yogyakarta.[1]
Sejarah
Era AMS (Algemeene Middelbare School) B
SMA Negeri 3 Yogyakarta sudah berdiri sejak zamanpenjajahanBelanda. Bahkan, sekolah ini telah ada sejak tahun 1918, karena sebuah dokumen menunjukkan bahwa pada tanggal 30 Februari 1938, sekolah ini merayakan ulang tahunnya yang ke-20. Sampai dengan pecahnya Perang Dunia II (Desember 1941), sekolah ini dikenal dengan nama AMS (Algemeene Middelbare School) afdeeling B. Saat itu, sekolah ini hanya diisi oleh mereka dari golongan elitepribumi.[2] Pada awalnya, sekolah ini didirikan sebagai salah satu fasilitator awal pendirian Technische Hoogeschool te Bandoeng atau Institut Teknologi Bandung mengingat pendirian AMS afd B adalah sebagai fasilitator awal dari pendirian THB.
AMS afd. B berganti nama menjadi SMT (Sekolah Menengah Tinggi) bagian A dan bagian B pada masa pendudukan Jepang, tahun 1942. Hingga akhirnya, tanggal 19 September 1942, didukung oleh Kepala Sekolah saat itu (Alm. RJ. Katamsi) berdiri organisasi pelajar sekolah ini yang diberi nama PADMANABA. Padma dalam bahasa Sanskerta berarti teratai merah atau dalam Bahasa Latin adalah Nelumbium speciosum. Pada masa itu, sekolah ini juga biasa dikenal dengan nama SMT Kotabaru. Hingga sekarang, tanggal 19 September selalu diperingati sebagai Hari Lahir Padmanaba dengan serangkaian acara yang diselenggarakan oleh para peserta didik aktif, alumni, guru dan karyawan, dan segenap keluarga besar Padmanaba yang dikenal sebagai Pekan Peringatan Hari Padmanaba (PPHP) dimana istilah PPHP ini mulai dicetuskan saat Peringatan Hari Lahir ke-42 dibawah Ketua Panitia PPHP saat itu, Roy Suryo (PAD/5610/83). Singkatan kegiatan selain PPHP lainnya sudah ada, misalnya LCKL (Lomba Cipta Kreasi Lagu), PTTA (Pentas Tutup Tahun Ajaran) dsb yang populer tahun-tahun sebelumnya, namun khusus istilah PPHP baru pertamakali digunakan semenjak 19 September 1984 sampai sekarang.
Era Kemerdekaan Indonesia
Tahun 1948, sekolah ini terbagi menjadi dua, yaitu SMA A di Jalan Pakem 2 dan SMA B di Jalan Taman Krida 7. Pada tanggal 21 Desember 1948, sekolah ini diduduki Belanda. Tanggal 6 Juni 1949, SMA B berhasil dibuka kembali dengan pendidikan yang lebih berkualitas. Tahun 1956, SMA ini berubah nama menjadi SMA IIIB, dan berubah lagi menjadi SMA Negeri 3 pada tahun 1964, di bawah pimpinan kepala Sekolah Ibu Mujono Probopranowo.
Nama "Padmanaba" yang sekarang dikenal sebagai nama lain dari SMA Negeri 3 Yogyakarta serta dipakai sebagai nama organisasi yang anggotanya antara lain para alumni dan semua yang pernah bersekolah di SMA Negeri 3 Yogyakarta telah digunakan sejak tahun 1942. Penggagasnya adalah RJ Katamsi yang pada waktu itu menjabat sebagai Kepala Sekolah dan juga guru seni mengambar.
Nama Padmanaba berawal ketika dia menjelaskan tentang sifat-sifat dasar teratai kepada murid-muridnya. Dia mengatakan bahwa bunga teratai merah atau lotus yang dikenal dengan nama LatinNelumbium speciosum dan dalam Bahasa Sanskerta disebut Padma yang bagi bangsa timur melambangkan sebuah kesakralan dalam berbagai masalah kehidupan. Kuncupnya mengandung arti yaitu kekuatan yang membumbung tinggi ke atas. Bila air pasang, maka teratai ikut naik sedangkan bila air surut, maka akan ikut turun. Teratai tumbuh di lingkungan air yang berlumpur, kotor, dengan akar serabut yang saling mengait, namun tetap indah, bersih, dan tidak tercemar sama sekali. Daun pohon teratai pun tumbuh ke arah atas hingga mengambang di atas air dan tidak basah oleh air kotor. Susunan dan kombinasi antara daun dan bunganya pun sangat serasi dengan lingkungan dimana teratai tersebut hidup. Semua itu melambangkan ketidakterikatan kehidupan terhadap keadaan lahiriah atau fisik sekitarnya, dan tersusun atas suatu harmoni kehidupan tanpa tercemar atau terpengaruh oleh alam lingkungannya.
Bunga teratai warna merah melambangkan kesucian yang keindahannya terjangkau oleh siapapun juga mulai dari yang paling rendah atau hina sekalipun, dan sebagai perlambang atas pencapaian tingkat kesadaran tertinggi dalam kehidupan macam apapun.
Dalam agama Buddha dilambangkan bahwa sikap duduk Sang Buddha Gautama waktu bersemadi seperti posisi bunga teratai sehingga disebut bahwa Sang Buddha sedang duduk di atas singgasana Padmasana (tempat tumbuhnya bunga teratai).
Dalam agama Hindu, teratai tumbuh dari pusar Dewa Wisnu ketika terbangun dari semadinya. Dan dari padma yang melambangkan keberanian, kesucian, dan kemajuan tersebut lahirlah Dewa Brahma. Kuncup Padmanaba melambangkan cita-cita, pertumbuhan manusia yang sudi, beriman, dan bertaqwa.
Salah satu murid R.J. Katamsi yang bernama Suhud yang memiliki kreativitas lebih tinggi dibandingkan rekan-rekannya menggambar teratai tersebut dengan sangat baik sehingga tercetus ide menjadikan gambar teratai Suhud sebagai lambang untuk sekolah. Dengan dibantu oleh temannya yang bernama Soelaiman, Suhud menyempurnakan logo teratai merah itu dengan 2 kelopak bunga dan 8 daun yang tersusun menjadi lapis yang arahnya berlawanan.
Lambang Padmanaba
Lambang Padmanaba yang berupa teratai merah pertama kali dibuat oleh murid RJ Katamsi yang bernama Suhud. Dibantu oleh temannya yang bernama Soelaiman, Suhud menyempurnakan logo teratai merah itu dengan dua kelopak bunga dan delapan daun yang tersusun menjadi dua lapis yang arahnya berlawanan.
Sertifikasi
Akreditasi dari Badan Akreditasi Sekolah (BAS) dengan nilai A
Kegiatan pembelajaran dan persekolahan di SMA Negeri 3 Yogyakarta didukung dengan sarana serta prasarana, antara lain lahan seluas 21.540 m2 dan bangunan seluas 7.105 m2. Didukung pula dengan halaman/taman seluas 3.700 m2 dan lapangan olahraga seluas 10.835 m2.
Sarana Fisik
Sarana fisik yang dimiliki:
Ruang belajar: 21 Ruang berbasis mata pelajaran (moving class)
Gedung Serbaguna "Arga Bagya Padmanaba", Gedung yang dibangun oleh alumni era AMS B yang tergabung dalam nama organisasi "Argabagya" ini telah berubah menjadi bangunan tujuh lantai bernama "Grha Padmanaba" yang dibangun oleh Keluarga Besar Alumni (KBA) Padmanaba pada tahun 2021
\\Pentas Besar Jubah Macan, atau biasa disingkat penbes adalah kegiatan tahunan SMAN 3 Yogyakarta berbentuk pentas teater. Pentas Besar Jubah Macan diselenggarakan oleh Ekstrakurikuler Teater Jubah Macan.
Pada tahun 2021, Pentas Besar Jubah Macan diselenggarakan secara daring dan berjudul "The Ethereal". Pentas Besar Jubah Macan 2021 dirilis pada tanggal 3 Juli 2021 melalui platform YouTube di kanal Padmanaba Productions. Pentas Besar Jubah Macan 2021, "The Ethereal", disutradai oleh Yunintria Imtihanah Sulistyaningrum dan Gabriel Jovan, dengan Pramudya Nur Ananta sebagai pimpinan produksi[13].
Pada tahun 2022 Pentas Besar Jubah Macan kembali membawakan pentas teater secara online dengan judul “Apocryphal” dan ditayangkan di kanal Youtube Padmanaba Production. Pentas Teater ini disutradarai oleh Alyaa Nur Ghaisani dan Bagus Aryajatmiko, Serta Rizqi Alifsyahbana Brimantoro Sebagai Pimpinan Produksi.
Beasiswa
Beasiswa yang disediakan di SMA 3 Yogyakarta antara lain:
Medali Emas Bidang Matematika (Kristo), dua Medali Perak Bidang Komputer (Anugerah Galang Persada dan Hanson Prihantoro Putro), Medali Perunggu Bidang Matematika (Ifan Hanif), Medali Perunggu Bidang Kimia (Rendra Prasetya), Medali Perunggu Bidang Biologi (Sofia Imaculata), Medali Perunggu Bidang Komputer (Wiradeva Arif Kurniawan), Medali Perunggu Bidang Komputer (Dominikus Damas Putranto), dalam Olimpiade Sains Nasional 2005
Medali perunggu dalam Olimpiade Matematika Asia Tenggara atas nama Kristo
Honorable Mention dalam Olimpiade Fisika Asia Pasifik di Kazakhstan tahun 2006 dan medali perak dalam olimpiade Fisika Internasional pada tahun 2007 (Yoshua Michael Maranatha)
Medali Emas Bidang Fisika (Ahmad Ataka Awwalur Rizqi), Medali Perak Bidang Komputer (Mirza Widihananta), dan Medali Perunggu Bidang Astronomi (Mirna Jatiningrum) dalam Olimpiade Sains Nasional 2009
Crisna Noven Pratama sebagai anggota Paskibraka Nasional tahun 2015
Muhammad Widya Hudiya Wijaya sebagai anggota Paskibraka Nasional tahun 2018
Prestasi Para Pendidik
Bachtiar Fahmi, Guru Seni Budaya, mendapatkan Penghargaan Gubernur atas prestasi membimbing siswa dalam Festival Lomba Seni Siswa Nasional (FLSSN) Tahun 2016.
Didik Purwaka, Guru Biologi, mendapatkan Penghargaan Gubernur karena prestasi membimbing siswa dalam Olimpiade Penelitian Siswa Indonesia (OPSI) 2017.
Agus Santosa, Guru Sosiologi, Fasilitator Nasional (IN) Implementasi Kurikulum 2013 DitPSMA Kemdikbud RI pada tahun 2015, 2016, dan 2017.
Ichwan Aryono, Guru Fisika, Fasilitator Nasional (IN) Implementasi Kurikulum 2013 DitPSMA Kemdikbud RI pada tahun 2016 dan 2017.
Agus Santosa, Guru Sosiologi, Juara I (Medali Emas) dalam Olimpiade Guru Nasional Bidang Sosiologi Tahun 2017.
Agus Santosa, Guru Sosiologi, Best Workshop dalam Olimpiade Guru Nasional Bidang Sosiologi Tahun 2017.
Didik Purwaka, mendapatkan Penghargaan Gubernur karena prestasi membimbing siswa dalam Festival Inovasi Kewirausahaan Siswa Indonesia (FIKSI) 2018.
^Buku Profil SMA Negeri 3 Yogyakarta "Padmanaba" Yogyakarta, Tahun Ajaran 2009-2010, halaman 14-17, diterbitkan oleh Bagian Humas SMA Negeri 3 Yogyakarta
^Buku Profil SMA Negeri 3 "Padmanaba" Yogyakarta,Tahun Ajaran 2009-2010, halaman 17-18, dan data primer berupa Foto Dinding Kepala Sekolah di Aula Sekolah