Pada awalnya, pelabuhan ini bernama Pelabuhan Ende. Pada tanggal 31 Mei 2014, untuk mengenang jejak sejarah perjuangan Bung Karno sewaktu diasingkan di Pulau Ende mulai tahun 1934 hingga 1938, maka Bupati Ende, Marselinus Y.W. Petu pun mengubah nama pelabuhan ini menjadi Pelabuhan Bung Karno, sebagai bagian dari rangkaian acara peringatan hari lahir Pancasila tahun 2014.[2]
.png){kind=small}
