Institusi ini didirikan sebagai Museo Histórico de la Capital (Museum Sejarah Ibu Kota) oleh Wali kota Francisco Seeber pada tanggal 24 Mei 1889.
Museum ini tercipta dari proposal yang diusulkan oleh sejarahwan Adolfo Carranza, yang kemudian menjadi direktur museum pada pembukaannya (15 Februari 1891). Museum ini pada awalnya terletak pada bangunan mulik pemerintah pada 3951 Santa Fe Avenue (sekarang merupakan Kebun Botani Buenos Aires). Museum ini dipindahkan ke lokasinya sekarang di San Telmo setelah adanya pembelian lahan oleh Pemerintah Buenos Aires pada tahun 1897. Museum ini pun kemudian kepengurusannya diseahkan kepada pemerintah pusat.
Museum ini menyimpan lebih dari 50.000 benda koleksi. Sebagian koleksi tersebut didapat dari donasi keluarga figur penting yang terlibat Revolusi Mei dan Perang Kemerdekaan Argentina. Benda lainnya, merupakan bagian dari koleksi Museum Publik (Museo Público) yang dibangun tahun 1822 oleh Bernardino Rivadavia.
^Aires, Ente de Turismo del Gobierno de la Ciudad de Buenos (2017-09-04). "Museo Histórico Nacional". Official English Website for the City of Buenos Aires (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 2024-06-04.