Museum Samudra Raksa adalah museum bahari yang terletak hanya beberapa ratus meter sebelah utara candi Borobudur, masih dalam kawasan taman purbakala Borobudur, Magelang, Jawa Tengah, Indonesia. Museum ini menampilkan jalur perdagangan bahari antara Indonesia purba, Madagaskar, dan pesisir Afrika Timur, yang mahsyur dijuluki "Jalur Kayumanis". Koleksi utama pameran museum ini adalah rekonstruksi Kapal Borobudur dalam ukuran sesungguhnya yang telah menempuh perjalanan napak tilas mengarungi Samudra Hindia dari Jakarta menuju Accra, Ghana pada tahun 2003—2004.
Tampak depan Museum Kapal Samudraraksa
Museum Samudra Raksa diresmikan Menteri Koorditor Kesejahteraan Rakyat RI Prof.Dr. Alwi Shihab pada 31 Agustus 2005. Sebuah penghargaan dan apresiasi yang pantas bagi awak kapal dan semua pihak yang telah bekerja sama dalam mendukung Ekspedisi Kapal Borobudur.
Juga terletak dalam lingkungan kompleks taman arkeologi Borobudur, tepat di sebelah Museum Samudra Raksa terdapat Museum Borobudur yang menampilkan foto-foto relief Karmawibhanga yang terukir di kaki tersembunyi Borobudur yang kini tertutup, serta batu-batu candi Borobudur dan berbagai artefak arkeologi lainnya yang ditemukan di sekitar Borobudur.
