Bangunan museum ini bergaya Belanda, karena dibangun pada zaman Belanda pada abad ke-18 sebagai tempat tinggal dan pusat pemerintahan pejabat Belanda. Pada masa Malaya Britania, gedung ini digunakan sebagai kantor administrasi. Setelah Malaya merdeka pada tahun 1957, gedung tersebut menjadi kantor Dewan Air Malaka.[3] Pada tahun 2000, bangunan ini dikembalikan ke bentuk aslinya oleh departemen Museum dan Purbakala. Museum ini dibuka pada tahun 2004 dan dikelola di bawah Asosiasi Purbakala dan Museum.[1][4][5]
