Kemudian secara serempak baik di pusat maupun di daerah-daerah para pemuda membentuk BKR-BKR yang awalnya bukan organisasi tentara, dengan tujuan untuk menghindari bentrokan dengan pihak penjajahan Jepang. Para pemuda yang berjiwa bahari seperti SPT (Sekolah Pelayaran Tinggi) dan SPI (Serikat Pelayaran Indonesia) dan pelaut-pelaut Jawa Unko Kaisya kemudian mengkoordinasikan seluruh pemuda pelaut-pelaut Indonesia lainnya dan membentuk BKR Laut pada tanggal 10 September 1945.
Setelah diresmikannya BKR Laut Pusat oleh Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP) tanggal 10 September 1945, kemudian disusun Staf Umum BKR Laut Pusat, yang dipimpin oleh Mas Pardi sebagai Ketua Umum dengan anggotanya yaitu Adam, R.E. Martadinata, Ahmad Hadi, Surjadi, Oentoro Koesmardjo dan Darjaatmaja.
Tanggal 5Oktober1945 dibentuk Tentara Keamanan Rakyat (TKR) yang merupakan peningkatan dari BKR, maka secara resmi BKR Laut berubah menjadi TKR Laut.
Situasi Jakarta yang cukup rawan, tanggal 10 November1945 pemerintah mengeluarkan putusan memindahkan TKR laut ke luar kota sesuai dengan kehendak pemerintah untuk menjadikan Jakarta sebagai kota diplomasi dan tidak menginginkan Jakarta sebagai daerah pertempuran seperti dialami Kota Surabaya.
Selanjutnya Markas Tertinggi TKR Laut yang berkedudukan di Yogyakarta, setelah perubahan nama, mengadakan penyempurnaan organisasi antara lain Markas tertinggi TKR Laut di Yogyakarta, dipimpin Laksamana III M. Pardi, Divisi I TKR Laut Jawa Barat berkedudukan di Cirebon, dipimpin Laksamana III M. Adam dan Divisi TKR II Jawa Tengah berkedudukan di Purworejo, dipimpi oleh Laksamana M. Nasir.
Karena kondisi yang serba-terbatas dan tidak kondusif, perkembangan TKR Laut di Jawa Timur yang seharusnya menerima instruksi dari TKR Laut Yogyakarta, akhirnya mempunyai perkembangan sendiri yang membawa pada suatu dualisme.
Untuk menyatukan semua pihak dan aliran yang terdapat dalam lingkungan TKR Laut dibentuk suatu Komisi Penyelenggaraan Susunan Baru Markas Tertinggi TKR yang anggotanya terdiri dari unsur-unsur pimpinan Yogyakarta, Lawang, dan Kementerian Pertahanan. Komisi diketuai R.S. Ahmad Sumadi dengan anggota Adam, M. Nasir, Katamudi, Moch. Affandi, yang disyahkan oleh Menteri Pertahanan Amir Sjarifudin dengan disaksikan Wakil PresidenMohammad Hatta, Jaksa Agung Mr. Kasman Singodimedjo, Kepala Staf Umum TKR, Urip Sumohardjo. Kemudian komisi ini menyelenggarakan sidang pertama tanggal 25 dan 26Januari1946 dan mengambil beberapa keputusan antara lain:
Mengangkat Atmadji sebagai Pemimpin Umum TKR Laut dan ditempatkan pada Kementerian Pertahanan.
Untuk Koordinasi sepenuhnya antara beberapa pihak dan aliran dalam TKR Laut diputuskan untuk mengangkat M. Nazir sebagai Kepala Staf Umum dengan dibantu M. Pardi dan Gunadi, dengan ketentuan ketiganya tidak boleh diadakan perbedaan pangkat. Ketiga pimpinan tersebut diwajibkan menyusun staf TKR laut dengan sebaik-baiknya.
Pada tanggal ini juga nama TKR Laut diubah menjadi TRI Laut dan pada bulan Februari1946 TRI Laut diubah menjadi Angkatan Laut Republik Indonesia (ALRI). Perubahan nama tersebut tidak mempengaruhi struktur organisasi yang telah ada. Markas Besar Tertinggi (MBT) TKR Laut kemudian berubah menjadi Markas Besar Umum (MBU) ALRI dengan Laksamana IIIMas Pardi sebagai Kepala Staf Umum MBU ALRI.
Setelah itu MBU ALRI mengalami perubahan kembali, dengan diangkatnya Laksamana IIIMohammad Nazir sebagai Panglima Angkatan Laut Indonesia (ALRI) yang bertugas sebagai pemegang komando tertinggi angkatan laut.
Sesuai dengan Penetapan Presiden No. 1 tanggal 2Januari1948, tentang reorganisasi dan rasionalisasi ALRI, Menteri Pertahanan Mohammad Hatta membentuk Komite Reorganisasi ALRI (KRAL) pada tanggal 17 Maret1948 dan mengangkat KolonelR. Soebijakto sebagai Ketua KRAL. Setelah selesai menjalankan tugasnya, KRAL dibubarkan pada akhir April1948, dan Soebijakto diangkat sebagai Kepala Staf TNI Angkatan Laut.
Daftar pejabat
Pangkat yang tercantum adalah pangkat tertinggi saat menjabat sebagai KSAL.
^Undang-Undang No.34 Tahun 2004, Tentang Tentara Nasional Indonesia
^"Struktur organisasi". tnial.mil.id. TNI Angkatan Laut. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2013-09-07. Diakses tanggal 16 Agustus 2013.
^Ananta Toer, Soebagyo Toer, Kamil, Pramoedya, Koesalah, Ediati (September 1999). Kronik Revolusi Indonesia Jilid II (1946). Jakarta: KPG (Kepustakaan Populer Gramedia). hlm. 56–57. ISBN979-9023-29-2 Periksa nilai: checksum |isbn= (bantuan).Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link)
^Ananta Toer, Soebagyo Toer, Kamil, Pramoedya, Koesalah, Ediati (September 1999). Kronik Revolusi Indonesia Jilid II (1946). Jakarta: KPG (Kepustakaan Populer Gramedia). hlm. 305. ISBN979-9023-29-2 Periksa nilai: checksum |isbn= (bantuan).Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link)
^G., Dwipayana (2003). Jejak Langkah Pak Harto 28 Maret 1968-23 Maret 1973. Jakarta: PT. Citra Kharisma Bunda. hlm. 179.Parameter |coauthors= yang tidak diketahui mengabaikan (|author= yang disarankan) (bantuan)
^Sukma Indah Permana (19 Februari 2013). "KSAL dan KSAU Naik Pangkat". detikcom. Detikcom. Diakses tanggal 9 Desember 2013.Pemeliharaan CS1: Menggunakan parameter penulis (link)
