Pada tahun 1816, pembangunan Kebun Raya Gibraltar diperintahkan oleh Gubernur Gibraltar, Jenderal George Don. Merupakan usulan dia bahwa para prajurit yang ditempatkan di benteng akan memiliki tempat rekreasi yang nyaman untuk dinikmati ketika sedang tidak bertugas.[1]
Pada Perang Dunia II, kebun raya ini merupakan tempat populer berkumpulnya ribuan prajurit dan pelaut homoseksual yang melewati Gibraltar dalam perjalanan menuju berbagai fron pertempuran Perang Dunia II. Pada tahun-tahun selanjutnya, masih dalam periode perang, Polisi Militer secara rutin mengawasi kebun raya ini untuk menegaskan peraturan pelarangan homoseksualitas di angkatan bersenjata Britania dan Amerika Serikat.[2]
Kebun Raya Gibraltar dipugar pada tahun 1991 oleh sebuah perusahaan ketika mereka menyadari bahwa sejak era 1970-an, kebun raya ini berada dalam keadaan buruk. 3 tahun kemudian, Kebun Raya Gibraltar dilengkapi dengan penambahan sebuah kebun binatang yaitu Suaka Margasatwa Alameda.[1]
Pada tahun 2001, sebuah patung perunggu Molly Bloom karangan James Joyce dipasang di kebun raya. Patung ini merupakan inisiatif dari Jon Searle untuk merayakan 200 tahun Gibraltar Chronicle pada tahun 2001.[3]
