Kapal selam itu milai dibangun pada 26 Desember 1942 di Arsenal Angkatan Laut Yokosuka, dan diluncurkan pada 30 Juni 1943. Jenis angkatan laut senapan telah dihapus, membuat ruang untuk empat torpedo bunuh diri berawak Kaiten. Kapal selam itu diselesaikan pada 7 September 1944 dan perintah diberikan kepada Kaigun Shōsa (Letnan Komandan) Mochitsura Hashimoto. I-58 ditugaskan ke Keenam Armada Submarine Squadron 11 untuk pelatihan di Laut Inland sebelum ditugaskan ke Divisi Submarine 15 pada tanggal 4 Desember 1944. Beberapa hari kemudian ia dimasukkan ke kelompok Kongo ("Berlian"), bersama I -36, I-47, I-48, I-53 dan I-56, untuk memulai serangan Kaiten pada lima armada Angkatan Laut Amerika Serikat yang berbeda. I-58 ditugaskan untuk menyerang Apra Harbor, Guam.
Penyerangan USS Indianapolis
Pukul 23.00 pada tanggal 29 Juli 1945 I-58 muncul 250 mil utara dari Palau dan menuju selatan. Tak lama setelah itu petugas navigasi Letnan Tanaka melihat sebuah kapal mendekat dari timur, membuat gerakan tidak zig-zag dengan 12 knot. Lt.Cdr. Hashimoto (salah) mengidentifikasi target sebagai kapal perang kelas Idaho. Dia sebenarnya adalah kapal penjelajah berat USS Indianapolis, dan telah berlayar dari Guam menuju Leyte sehari sebelumnya, setelah bagian disampaikan dan bahan nuklir untuk bom atom Hiroshima dan Nagasaki ke Tinian dari San Francisco. Indianapolis tidak dilengkapi dengan sonar ataupun hidropon, bahkan tidak dikawal oleh kapal perusak.
I-58 pun menyelam dan bersiap untuk menyerang dengan torpedo Tipe 95. Setelah bermanuver, pada 23:26 (JST) kapal selam menembakkan penyebaran enam torpedo dengan interval 2 detik. Pada 23:35, Lt.Cdr Hashimoto diamati tiga hits sama spasi di sisi kanan kapal penjelajah itu. Kapal berhenti, terdaftar ke kanan, dan turun dengan busur, tapi Hashimoto memutuskan untuk menyerang lagi dan menyelam ke 100 kaki untuk membuka jangkauan dan ulang tabung torpedo. Sementara kapal selam itu tenggelam, di 00:27 pada tanggal 30 Juli, Indianapolis terbalik dan tenggelam. ketika I-58 membuat cek periskop target lenyap. Kapal selam muncul, dan berangkat daerah dengan kecepatan penuh, menuju utara sementara pengisian baterai.
Nasib
I-58 termasuk salah satu unit kapal selamKekaisaran Jepang yang menunjukkan semangat berjuang sampai semuanya benar-benar berakhir. Setelah menenggelamkan Indianapolis pun, Ia masih terus berputar-putar dan bergerilya melawan semua kapal Sekutu yang bisa ditemukannya di kawasan Asia Tenggara. Di antaranya ada yang berhasil dan ada pula yang gagal. Bahkan sampai ketika Kaisar Hirohito mengumumkan bahwa Jepang menyerah, Ia masih tidak tahu tentang kabar itu dan terus menjelajahi samudera.
Sampai akhirnya pada tanggal 18 Agustus 1945 ia pulang ke Kure dan mendapati bahwa negaranya sudah kalah perang. Pada tanggal 1 April 1946 dalam "Operasi Road End" I-58 beserta semua saudarinya dilucuti mulai dari peralatan hingga material. Lalu mereka digiring dari Sasebo ke area lepas Kepulauan Gotō oleh kapal selam Nereus (AS-17) dan ditenggelamkan di 32°37′N129°17′E / 32.617°N 129.283°E / 32.617; 129.283.[2]
Kini ia telah beristirahat untuk selamanya di dasar laut yang tenang itu dan raganya kini menjadi rumah bagi spesies ikan Kerapu khas Jepang yang menjadi salah satu objek wisata bahari lokal untuk penduduk di pulau tersebut.
Pengadilan atas tenggelamnya Indianapolis
Pada November 1945, Komandan Mochitsura Hashimoto dipanggil ke pengadilan militer Amerika Serikat sebagai saksi untuk kasus tenggelamnya Indianapolis, dimana Kapten Charles B. McVay III dituduh menempatkan kapalnya dalam keadaan bahaya dengan melakukan gerakan zig-zag yang tak penting dan menyebabkan banyak nyawa hilang sia-sia. Namun, diluar dugaan banyak pihak, Hashimoto bersaksi bahwa meskipun ia melakukan gerakan manuver itu, entah karena insting atau apapun, ia (dan krunya) tetap akan dapat menenggelamkan Indianapolis. Secara tidak langsung, Hashimoto mengambil sikap bahwa menurutnya Charles tidak salah. Katanya, itu hanyalah hal biasa yang terjadi dalam perang. Testimoninya membuat pengadilan militer memutuskan bahwa Charles tidak bersalah, namun nama baiknya baru dapat dibersihkan secara penuh pada tahun 1996 ketika Presiden Bill Clinton secara tegas memutuskan bahwa kasus ini harus ditutup dan Charles tidak bersalah sama sekali.