Berbeda dengan kabupaten lain di Indonesia, kabupaten administrasi bukanlah daerah otonom. Kabupaten administrasi dipimpin oleh seorang bupati dan dibantu oleh wakil bupati yang diangkat oleh gubernur dari kalangan pegawai negeri sipil. Perangkat daerah kabupaten administrasi terdiri atas Sekretariat Kabupaten Administrasi, Suku Dinas, lembaga teknis lain, kecamatan, dan kelurahan.