Zona ekonomi khusus Iskandar Malaysia muncul setelah Khazanah Nasional melakukan studi kelayakan pemerintah pada tahun 2005. Studi tersebut membuktikan bahwa pengembangan zona khusus akan memberi keuntungan dari segi ekonomi, sosial, dan pembangunannya.[2] National SJER Planning Committee (NSPC) ditugaskan untuk mengembangkan pendekatan holistik yang berkelanjutan terhadap pengembangan wilayah tersebut.[2] Iskandar Malaysia terpilih sebagai salah satu pembangunan berdampak besar dalam Rancangan Malaysia Kesembilan; rancangan ini disahkan oleh Abdullah Ahmad Badawi, Perdana Menteri Malaysia, pada bulan Maret 2006 untuk jangka pembangunan 2006 sampai 2010.[3] Pada November 2006, Perdana Menteri Malaysia, Menteri Besar Johor Abdul Ghani Othman, dan Khazanah memperkenalkan Comprehensive Development Plan (CDP).
Iskandar Malaysia dirancang mengikuti Zona Ekonomi Delta Sungai Mutiara dan dirancang untuk mendulang keuntungan dari aktivitas ekonominya bersama Singapura, serta bertujuan menguntungkan satu sama lain sebagai penghubung ekonomi.
