Hubungan Indonesia dengan Takhta Suci Vatikan sudah berlangsung sejak zaman Hindia Belanda. Walaupun kebanyakan orang Eropa di Indonesia menganut ajaran Protestan, tetapi ajaran Katolik mulai berkembang pada abad ke-19. Hubungan resmi antara Republik Indonesia dengan Vatikan dimulai pada tahun 1950 dengan status Internunciatur Apostolik. Barulah pada bulan Desember1965, status ini diubah menjadi Nunciatur Apostolik.
Pada 2012, muncul sebuah klaim dari film Soegija yang menyatakan bahwa Vatikan merupakan negara pertama yang memberikan pengakuan kedaulatan Indonesia yang diberikan melalui Albertus Soegijapranata.[3] Klaim tersebut juga dibuat oleh Basuki Tjahaja Purnama atau Ahok ketika masih menjabat sebagai Wakil Gubernur DKI Jakarta saat menerima kedatangan Duta Besar Vatikan Antonio Guido Filipazzi di Balai Kota Jakarta pada 15 Maret2013.[4]Inilah.com berdalih bahwa negara pertama yang mengakui kedaulatan Indonesia adalah Mesir, seperti halnya yang diketahui masyarakat selama ini, pada 22 Maret1946. Sementara Vatikan baru mengakui Indonesia pada 6 Juli1947 yang ditandai dengan pembukaan kedutaan yang disebut Delegatus Apostolik dan menugaskan Georges de Jonghe d'Ardoye sebagai duta besar Vatikan pertama di Jakarta untuk masa 1947 hingga 1955.[5]
Para pendukung klaim tersebut membela klaim tersebut dengan berpendapat bahwa Mesir pada waktu itu belum sepenuhnya merdeka karena masih berada di bawah pengaruh Inggris dan baru sepenuhnya merdeka pada tahun 1953[6] sementara Vatikan sendiri telah berdiri secara independen dan absolut sejak 11 Februari1929 melalui Perjanjian Lateran.[7]
