Gereja di Indonesia pertama kali hadir sejak sekitar ke-17 Masehi. Sejak saat itu, sampai sekarang di Indonesia terdapat banyak sekali jenis-jenis (aliran/denominasi/sekte) gereja.
Pada umumnya gereja-gereja Kristen di Indonesia dapat dibagi ke dalam tiga aliran utama, yaitu:
Khusus untuk gereja-gereja dari aliran ritual Pentakosta kadang-kadang digolongkan terpisah dari kelompok gereja-gereja Protestan karena perbedaan ritual dan pengakuan iman, meskipun dari sejarahnya gereja Pentakosta muncul dari denominasi-denominasi ajaran Protestan.
Gereja Katolik dan Gereja Ortodoks di Indonesia tidak terbagi-bagi menurut denominasi sebagai mana halnya yang ada pada gereja-gereja Protestan/Pentakosta. Karena gereja Protestan dan aliran Pentakosta terbagi-bagi menjadi unsur gereja yang lebih kecil maka gereja-gereja Kristen Protestan (termasuk Pentakosta) memiliki banyak cabang bahkan di setiap daerahnya. Gereja-gereja tersebut dapat diklasifikasikan menurut ajaran teologi, kelompok etnis, bahasa pengantar, atau gabungan dari ketiganya.
Di bawah ini akan dijelaskan mengenai sejarah gereja berdasarkan rujukan dari buku Dr. Huub J.W.M. Boelaars, OFM Cap., dan sumber-sumber lain yang searah dengan literatur ini, namun banyak menuai kritikan karena kekeliruan yang telah disebutkan di atas.
Katolik Roma pertama tiba dari Ordo Karmel pada tahun 1511 di tanah Aceh dan tahun 1534 di kepulauan Maluku melalui orang Portugis yang dikirim untuk eksplorasi. Fransiskus Xaverius, misionaris Katolik Roma dan pendiri Ordo Yesuit bekerja di kepulauan Maluku pada tahun 1546 sampai tahun 1547.
Protestanisme pertama kali diperkenalkan oleh Belanda pada abad keenam belas, sehingga terpengaruh oleh ajaran Calvinisme dan Lutheran.
Gereja pertama di Indonesia diberi nama Gereja Sion.[1] Gereja ini dikenal juga dengan nama Portugeesche Buitenkerk atau Gereja Portugis berada di sudut Jalan Pangeran Jayakarta dan Mangga Dua Raya. Peresmian gedung gereja dilakukan pada hari Minggu, 23 Oktober 1695 dengan dihadiri gubernur jenderal Willem van Outhoorn dan pemberkatan oleh Pendeta Theodorus Zas.
Berikut beberapa gereja Protestan yang ada di Indonesia. Cabang/pemekaran/pecahan dari suatu gereja ditandai dengan sub-bagian.
Gereja berbasis kesukuan
Banyak sinode gereja di Indonesia yang berbasis kesukuan karena pengaruh penginjilan yang berbeda-beda tiap suku. Jemaat dalam gereja berbasis kesukuan biasanya adalah orang-orang yang berasal dari latar belakang suku yang sama. Selain itu, terdapat pula liturgi dengan bahasa suku tersebut dalam tata ibadah gerejanya.
Gereja-gereja tersebut antara lain:
Gereja Kristen Injili Indonesia - GKII - melayani suku Anak Dalam dan orang-orang pribumi (bumi putera) seperti Rejang dan Lembak di sebagian besar Bengkulu dan sebagian Sumatera Selatan)
Gereja Lutheran di Indonesia hanya tersebar di pulau Sumatra saja, khususnya di Sumatera Utara, Rejang, dan Mentawai, yakni wilayah pelayanan misi RMG kala itu.
Gereja Ortodoks adalah kelompok Kristen/Gereja pendatang yang paling mutakhir di Indonesia. Namun, menurut penelitian dari pakar-pakar sejarah dan arkeologi lama, sebetulnya Gereja Ortodoks ini justru adalah gereja yang pertama hadir dan datang ke Indoneia yang ditandai dengan/melalui kehadiran Gereja Nestorian yang merupakan corak gereja Asiria di daerah Fansur (Barus), di wilayah Mandailing, Sumatera Utara. Namun menurut A.J. Butler M.A., kata Fahsûr seharusnya ditulis Mansûr, yaitu sebuah negara pada zaman kuno yang terdapat di Barat Laut India, terletak di sekitar Sungai Indus. Mansur merupakan negara paling utama yang terkenal di antara orang-orang Arab dalam hal komoditas kamfer (al-kafur).[2]
Tanpa diketahui sebab-sebabnya, Gereja yang kehadirannya diketahui lewat prasasti dari tahun 600-anM ini kemudian hilang begitu saja yang mungkin akibat faktor peperangan dan baru muncul kembali di Indonesia sekitar akhir tahun 1960-an dengan kedatangan Kanisah Orthodox Syria dikota Samarinda. Di negara-negara Eropa Timur, Asia Kecil, Anatolia, Timur Tengah, Asia Selatan dan di India, Gereja Ortodoks telah hadir selama berabad-abad dan tidak pernah hilang seiring zaman berganti, khususnya di Timur Tengah, Gereja ini telah hadir sejak abad pertama ketika kali pertama Gereja Kristen terbentuk oleh para murid Yesus.
Gereja Ortodoks di Indonesia hadir secara resmi tahun 1960 dan pada 1980 gereja ortodoks memiliki nama resmi Gereja Ortodoks Indonesia (GOI), tetapi baru mendapat izin Departemen Agama pada tahun 2006. Gereja Ortodoks Indonesia di bawah penggembalaan Metropolitan Hilarion, Uskup Gereja Ortodoks Rusia di luar Rusia (ROCOR), tetapi ada pula yang di bawah penggembalaan Uskup Konstantinos Tsilis, Uskup Gereja Ortodoks Yunani Konstantinopel. Selain itu terdapat Kanisah Ortodoks Siria (KOS) yang bukanlah lembaga gereja. Kehadiran KOS di Indonesia hanya sebatas wacana.
Gereja lainnya
Selain Gereja-gereja di atas, ada pula Gereja-gereja lain yang ajarannya sering dianggap terlalu jauh bedanya dengan Gereja-gereja Kristen yang disebutkan diatas tadi, gereja-gereja itu antara lain seperti: Gereja Mormon, Saksi Yehuwa atau menara kudus Yehovah, dan Christian Science yang merupakan gerakan restorasi gereja, (lihat Restorasionisme).