GPIBT lahir dari hasil penginjilan Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM) yang pada pertama kalinya mengutus A. Rondonuwu ke Toli-Toli dan Ev. A.D. Siwy ke Buol. Awalnya, jemaat-jemaat yang berdiri ini disebut sebagai jemaat GMIM wilayah Buol dan wilayah Toli-toli. Tetapi setelah makin berkembang, maka dalam Sidang Sinode GMIM tanggal 14–18 Desember 1964 di Manado, diresmikan menjadi gereja yang berdiri sendiri dengan nama Gereja Protestan Indonesia di Buol Toli-toli (GPIBT). Pada Sidang Sinode yang pertama tanggal 18 April1965 ditetapkan Badan Pekerja Pertama dan terpilih sebagai ketua adalah Pdt. J.J.Ch.W. Wala.
Statistik
Jumlah gereja: 200 gereja
Jumlah jemaat: 51 jemaat
Jumlah anggota jemaat: 23.374 jiwa
Jumlah pendeta: 70 orang
Jumlah pelayan lainnya: 200 (diaken, viskaris, dan misionaris)