Pada mulanya, Gereja Kristen Indonesia terdiri dari tiga gereja yang terpisah, yaitu GKI Jawa Timur yang didirikan pada tanggal 22 Februari1934, GKI Jawa Barat yang didirikan tanggal 24 Maret1940, dan GKI Jawa Tengah yang didirikan tanggal 8 Agustus1945. Awalnya, ketiga gereja ini dikenal dengan nama Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee (THKTKH) yaitu gereja berbahasa Hokian. Gereja THKTKH di Jawa Tengah dan Jawa Timur didirikan oleh Zending dari Belanda (Nederlandsche Zendings Vereeniging) sedangkan di Jawa Barat diawali oleh penemuan sebuah Alkitab berbahasa Melayu oleh Bapak Ang Boen Swie pada tahun 1858. Baru pada tanggal 27 Maret1962, ketiga gereja itu berusaha meleburkan dirinya menjadi satu wadah Sinode Am GKI. Usaha tersebut terwujud dengan ditandai oleh pengikraran satu GKI pada 26 Agustus1988.[1]
Tata Gereja dan Tata Laksana GKI terdiri dari tiga bagian,yaitu: Mukadimah, Tata Dasar, dan Tata Laksana. Mukadimah memuat dasar - dasar eklesiologi pada Tata Dasar dan Tata Laksana GKI. Tata Dasar memuat definisi GKI dalam bentuk peraturan dasar yang singkat, padat, dan tidak operasional. Tata Laksana memuat peraturan yang bersifat operasional dan terperinci, yang berisi: pengertian/ketentuan gerejawi, persyaratan gerejawi dan prosedur gerejawi. Dalam tata laksana juga dilengkapi dengan peranti gerejawi GKI agar persyaratan dan prosedur dalam tata laksana GKI dapat dipenuhi dan diwujudkan.
Lembaga Kepemimpinan Gerejawi
Tata Gereja & Tata Laksana GKI juga disusun berdasarkan sistem penataan gereja presbiterial-sinodal yang terdiri dari empat lingkup kepemimpinan gerejawi:
Jemaat
Klasis
Sinode Wilayah
Sinode
Jemaat adalah lingkup yang paling dasar di organisasi Gereja Kristen Indonesia (GKI) dan dipimpin oleh Majelis Jemaat yang anggotanya terdiri dari semua pejabat-pejabat gerejawi meliputi Penatua dan Pendeta.
Klasis adalah lingkup yang lebih luas dari Jemaat dan terdiri dari Jemaat-jemaat yang berada di Klasis bersangkutan serta dipimpin oleh Majelis Klasis.
Sinode Wilayah adalah lingkup yang lebih luas dari Klasis dan terdiri dari Klasis-klasis yang berada di Sinode Wilayah bersangkutan serta dipimpin oleh Majelis Sinode Wilayah.
Sinode adalah lingkup yang paling luas dan terdiri dari Sinode Wilayah-sinode wilayah yang berada di Sinode serta dipimpin oleh Majelis Sinode.
Pdt. Edwin Nugraha Tjandraputra; Pdt. Samuel Ismayanto
Ketua Bidang Kesaksian, Pelayanan & Kemitraan
Pdt. Diah Nooraini Kristianti
Anggota
Pdt. Bonnie Andreas; Pnt. Martine Dian
Ketua Bidang Sumber Daya Manusia
Pdt. Agus Wijaya
Anggota
Pdt. Kuswanto; Pdt. Jedie Otniel Liline; Pdt. Wisnu Sapto Nugroho; Pdt. Timur Citra Sari
Ketua Bidang Sarana Penunjang
Pnt. Eka Harianto Wibisono
Anggota
Pnt. Kusnadi Lim; Pnt. Hengky Soenaryo
Anggota Ex-officio
Pdt. Martin Krisanto Nugroho
Pdt. Adon Syukmana
Pdt. Nathanael Setiadi
Tata liturgi
Tata Liturgi GKI mengacu pada tata liturgi yang dimuat dalam Dokumen Lima (Liturgi Lima) yang ditetapkan oleh Dewan Gereja-gereja se-Dunia (WCC). Pembacaan Firman Tuhan untuk Kebaktian minggu dan Kebaktian Hari Raya Gerejawi diambil dari The Revised Common Lectionary (RCL). Sakramen yang diakui dan dilaksanakan dalam Liturgi GKI adalah Baptisan Kudus dan Perjamuan Kudus. Tata Liturgi GKI yang berlaku saat ini mulai digunakan serentak oleh seluruh jemaat GKI pada Ibadah Minggu Adven pertama tahun 2006 yakni pada tanggal 3 Desember2006. Liturgi ini merupakan hasil dari Sidang Sinode GKI ke-XIV yang dilaksanakan pada bulan November2005.[3]
Yayasan Pendidikan Kristen Saint John Jakarta, yang berada di bawah naungan GKI Bungur. (YPK Saint John di Jl. Bungur Raya, Jakarta Pusat, dan YPK Saint John di Jl. Kemuning Indah IV, blok HH. Harapan Indah, Kota Bekasi.)