Selain 4 pulau utama, terdapat 3.000 pulau-pulau berukuran lebih kecil, termasuk Okinawa serta pulau-pulau kecil yang berpenghuni atau tidak berpenghuni. Pada tahun 2006, total luas wilayah Jepang adalah 377.923,1 km², di antaranya 374.834 km² adalah daratan dan 3.091 km² perairan. Sekitar 73% wilayah Jepang adalah daerah pegunungan. Total luas wilayah Jepang kira-kira 85% luas Pulau Sumatra, namun lebih besar dari luas wilayah Jerman, Malaysia, Selandia Baru, dan Britania Raya.
Laut territorial: 12 mil laut (22 km); antar 3 dan 12 mil laut (6 dan 22 km) di selat internasional Selat Sōya, Selat Tsugaru, Osumi, dan Selat Tsushima.
Iklim: berbeda-beda, iklim subtropis di selatan hingga daerah iklim sedang di utara.
Terrain: sebagian besar bergunung-gunung
Sumber daya alam: batu bara (sedikit sekali), minyak bumi, bijih besi, perikanan, dan mineral
