Biji (bahasa Latin: semen) adalah bakal biji (ovulum) dari tumbuhan berbunga yang telah masak. Biji dapat terlindung oleh organ lain (buah, pada Angiospermae atau Magnoliophyta) atau tidak (pada Gymnospermae). Dari sudut pandang evolusi, biji merupakan embrio atau tumbuhan kecil yang termodifikasi sehingga dapat bertahan lebih lama pada kondisi kurang sesuai untuk pertumbuhan. (Lihat pergiliran keturunan).
Dengan demikian biji telah memperlihatkan diri sebagai perkembangan penting dalam reproduksi dan pemencaran Spermatophyta (tumbuhan berbunga atau tumbuhan berbiji; bahasa Yunani: sperma biji, phyton tumbuhan); dibandingkan dengan tanaman yang lebih primitif seperti lumut, lumut hati dan pakis, yang tidak memiliki biji dan menggunakan cara lain untuk menyebarkan diri. Ini tampak pada kenyataan bahwa tumbuhan berbiji mendominasi relung-relung biologi sejak dari padang rumput hingga ke hutan, baik di wilayah tropis maupun daerah beriklim dingin.
Kata "biji" adalah pinjaman dari bahasa Sanskerta, bija. Kata "biji" acap dipertukarkan penggunaannya dengan "benih" dan "bibit". Dalam istilah teknis pertanian dan kehutanan, "benih" adalah biji yang dipersiapkan khusus untuk menghasilkan tanaman baru, sedangkan "bibit" (atau juga disebut "semai") adalah tanaman (atau hewan) muda siap tanam (kalau hewan, siap dibesarkan) setelah ditumbuhkan atau dibesarkan sampai umur tertentu atau hasil perbanyakan tanaman dengan cara yang lain (misalnya cangkok, stek, okulasi dan lain-lain).
Di samping itu dalam bahasa awam kata "biji" juga kerap dilekatkan secara kurang tepat: 'biji' padi (gabah), 'biji' jagung, dan 'biji' bunga matahari—misalnya—yang secara botani sesungguhnya adalah buah kering tak memecah, sementara bijinya yang sejati terletak di dalamnya. Juga 'biji' mangga dan 'biji' aneka buah batu lainnya, yang sebetulnya biji terlapis oleh endokarp; yakni bagian dalam buah yang mengeras atau liat untuk melindungi biji yang sesungguhnya.
1. Lembaga (embrio) adalah jaringan bakal tumbuhan dari mana tumbuhan yang baru akan berkembang manakala kondisi lingkungannya sesuai. Lembaga ini memiliki satu helai daun lembaga (kotiledon) pada tetumbuhan berkeping satu (monokotil); dua helai daun lembaga pada hampir semua tetumbuhan berkeping dua (dikotil); dan dua atau lebih pada tetumbuhan berbiji terbuka (Gymnospermae). Selanjutnya lembaga juga memiliki calon akar yang disebut radikula dan calon tunas yang disebut plumula. Calon batang yang terletak di atas titik perlekatan daun lembaga disebut epikotil, dan yang terletak di bawahnya disebut hipokotil.
2. cadangan makanan, yang diperlukan oleh tumbuhan baru ketika mulai tumbuh membesar. Bentuk nutrisi yang disimpan bervariasi tergantung pada jenis tumbuhan tersebut. Pada Angiospermae, cadangan ini bermula dari jaringan yang disebut endosperma, yang berasal dari tetumbuhan induk melalui proses pembuahan ganda. Endosperma yang biasanya triploid ini kaya akan minyak nabati atau zat pati dan protein.
Pada Gymnospermae seperti halnya konifera, jaringan makanan cadangan ini berasal dari bagian gametofit betina, jadi bersifat haploid. Pada beberapa spesies, lembaga melekat pada endosperma atau gametofit betina, yang cadangan makanannya kelak digunakan ketika lembaga berkecambah. Pada jenis-jenis yang lain, cadangan makanan pada endosperma telah diserap lembaga dalam tahap perkembangan biji, dan kemudian disimpan di dalam daun lembaga. Dalam kasus terakhir ini, biji yang telah masak tidak lagi memiliki endosperma dan disebut biji eksalbumina (exalbuminous seeds).
Beberapa contohnya adalah biji kacang-kacangan (misalnya buncis, kacang merah, dan kacang ercis), pasang, lobak, dan bunga matahari. Sementara biji yang tetap memiliki endosperma hingga masak dikenal sebagai biji albumina (albuminous seeds). Kebanyakan monokotil (misalnya jenis-jenis rumput dan palma), sebagian dikotil (misalnya jarak), dan semua Gymnospermae memiliki tipe biji albumina ini.
3. Kulit biji (testa) berkembang dari jaringan integumen yang semula mengitari ovula (bakal biji). Tatkala biji masak, kulit biji ini dapat setipis kertas (misalnya pada kacang tanah) atau tebal dan keras seperti pada kelapa. Kulit biji ini berguna untuk menjaga lembaga dari kekeringan dan kerusakan mekanis.
Di samping ketiga bagian utama biji di atas, beberapa spesies memiliki bagian tambahan pada biji yang dihasilkannya; misalnya salut biji (arilus) pada pala, rambut pada kapas, atau sejenis struktur yang mengandung minyak yang disebut elaiosome (misalnya pada biji jarak dan biji aneka jenis Euphorbiaceae lainnya). Biji-biji juga acap memiliki tanda bekas tali pusat yang disebut hilum (pusar atau pusat) dan rafe (garis biji).
