Bandara ini pernah mengalami renovasi besar pada tahun 1990-an dengan tambahan landasan pacu dan terminal bandara menjadikan bandara tersebut memiliki 2 tingkat, 2 jetway, sebuah restoran besar, sebuah toko souvenir dan sebuah tempat permainan.
Bandara ini ditangani dari pemerintah pada tahun 1997 sampai Thunder Bay International Airports Authority (Otoritas Bandara Internasional Thunder Bay), sebuah organisasi yang tidak mengambil keuntungan. Bandara ini telah menangani lebih dari 600,000 penumpang pada tahun 2004.
