Bahasa resmi Estonia adalah bahasa Estonia, sebuah bahasa Uralik yang berhubungan dekat dengan bahasa Finlandia, tetapi tidak berhubungan dengan bahasa Rusia atau bahasa Estonia. Bahasa Estonia standar sering kali berdasarkan pada Bahasa Estonia Utara, di mana bahasa Selatan termasuk pula dialek-dialek yang tidak diakui, secara spesifik Võro, Mulgi, dan Tartu. Võro, dialek terjauh dari bahasa Estonia Standar, adalah satu-satunya yang mendapatkan kode bahasa ISO 693-3 oleh SIL (vro).[2] Võro diakui secara luas dan memiliki subdialek yaitu Setu, meskipun banyak yang menganggap bahasanya berbeda.
Terdapat beberapa kota di Estonia dengan konsentrasi yang besar terhadap komunitas berbahasa Rusia dan terdapat pula kota dengan kelompok berbahasa Estonia menjadi minoritas (terutama di bagian Timur Laut Estonia, seperti Narva). Pemerintah Estonia sedang bekerja keras untuk membawa komunitas Rusia ini berada di dalam komunitas Estonia.
Bangsa Baltik Jerman (bahasa Jerman: Deutsch-Balten, atau Baltendeutsche) kebanyakan adalah bangsa Jerman secara etnis yang komunitasnya banyak ditemukan di pantai timur Laut Baltik, yang sekarang menjadi bagian dari Estonia dan Latvia. Populasi komunitas ini biasanya tidak lebih dari 10% dari jumlah warga.[3] Mereka membentuk kelompok élite budaya, sosial, politik, dan komersial di region tersebut selama beberapa abad. Beberapa diantaranya mencapai posisi tertinggi, baik di militer maupun di kehidupan sipil Imperium Rusia, biasanya di Saint Petersburg. Sejarah dan kehadiran mereka di Baltik mencapai akhir mendadak pada tahun 1939, setelah penandatanganan Pakta Molotov–Ribbentrop dan pengiriman populasi Nazi–Soviet yang subsekuen di mana semua komunitas Baltik Jerman dimukimkan di Wartherland dan Danzig-West Prussia.
Bangsa Estonia–Swedia adalah kelompok berbahasa Swedia yang tinggal di bagian teluk dan pulau yang sekarang menjadi bagian timur dan utara Estonia. Dimulai dan berlanjutnya pemukiman bangsa Estonia–Swedia di area tersebut (diketahui sebagai Aiboland) dimulai sejak abad ke-13 dan ke-14, di mana keturunan mereka yang berbahasa Swedia datang ke Estonia yang sekarang menjadi Swedia dan Finlandia. Banyak dari komunitas ini mengungsi ke Swedia selama Perang Dunia II, dan hanya sebagian kecil saja yang memilih untuk menetap di Estonia hingga kini.
Bahasa Isyarat
Bahasa Isyarat Estonia (EST, atau bahasa Estonia: Eesti viipekeel) adalah bahasa isyarat nasional Estonia. Pada tahun 1998, terdapat 4.500 sinyal lebih dari populasi tunarungu yang mencapai 2.000 orang dan populasi yang pendengarannya terganggu mencapai dua kali angka tersebut. Mereka biasa terdapat di kota yang luas seperti Tallinn dan Pärnu bagi yang beretnis Estonia yang tunarungu, sedangkan bagi komunitas Rusia dapat menggunakan bahasa isyarat Rusia, dan komunitas Rusia yang berada di luar Tallinn dapat menggunakan bahasa isyarat campuran Rusia–Estonia, atau bilingual. Secara formatif, bahasa isyarat Estonia dipengaruhi oleh bahasa isyarat Rusia dan Finlandia; seperti contoh, isyarat ESL untuk 'kupu-kupu' dipengaruhi oleh isyarat Finlandia untuk 'burung'. Terdapat berbagai dialek, dan yang paling bersejarah adalah dialek Pärnu.