Akademi Kepausan Santo Thomas Aquinas (nama aslinya dalam Bahasa Latin, menurut ayat 1 dalam statuta-nya: Pontificia Academia Sancti Thomae Aquinatis) didirikan pada tanggal 15 Oktober 1879 oleh Paus Leo XIII. Prefek pertamanya adalah Kardinal Giuseppe Pecci (1879-1890), seorang ahli Thomas Aquinas (Thomist) di jamannya. Akademi ini adalah salah satu dari beberapa yayasan Thomist di kota-kota seperti Bologna, Freiburg (Swiss), Paris dan Lowden. Akademi ini kemudian diresmikan oleh Paus Pius X melalui surat apostolik-nya tanggal 23 Januari 1904 dan dikembangkan oleh Paus Benediktus XV pada tanggal 31 Desember 1914. Paus Yohanes Paulus II mereformasi akademi ini pada tanggal 28 Januari 1999 melalui surat apostoliknya Inter munera Academiarium,[1] yang diterbitkan tak lama setelah ensiklik-nya Fides et Ratio.
Akademi Kepausan Santo Thomas Aquinas sementara berpusat di Casina Pio IV di kota Vatikan.
Tujuan-tujuannya sebagaimana dinyatakan dalam Buku Tahunan Akademi (tahun 2007) adalah sebagai berikut:
Melakukan penelitian, menjelaskan dan menyebarkan ajaran Santo Thomas Aquinas
Mengajukan figur Santo Thomas Aquinas sebagai seorang guru Kristiani teladan, pencari kebenaran, pecinta kebaikan dan cendekiawan dalam semua pembelajaran
Menjelaskan, sejauh memungkinkan, tentang misteri iman dan hubungan analogi di antara artikel-artijel internal mengenai iman menurut pemikiran Santo Thomas Aquinas; oleh karenanya di saat bersamaan berarti menghargai gelarnya, Doctor Communis
Mendorong interaksi antara iman dan akal-budi, dan menumbuh-kembangkan dialog-dialog antara ilmu pengetahuan, filosofi dan teologi
Bekerja sama dengan para anggota Akademi lainnya dalam suatu semangat persahabatan untuk mengembangkan filosofi dan teologi Kristiani
Merangsang interaksi internasional antara para cendekiawan Santo Thomas Aquinas dan karya-karyanya
Meningkatkan peran pemikiran Thomist dalam masyarakat
Mendorong pendidikan-pendidikan dalan pembelajaran ilmu Thomist dan pengertian publik akan ide-ide Santo Thomas Aquinas
Mendorong penelitian terjadap karya dan pemikiran Santo Thomas Aquinas.
Presiden akademi saat ini adalah Monsinyur Lluís Clavell dari ordo Opus Dei, yang menggantikan Edward Kaczyński, O.P. di bulan Juni 2009. Sekretarisnya saat ini adalah Uskup Marcelo Sánchez Sorondo.
Hingga tahun 1965 jabatan presiden akademi ini dipegang oleh sekelompok kardinal. Paus Paulus VI mengangkat kardinal tunggal pertama untuk menjadi presiden akademi ini, Kardinal Michael Brown, O.P. Setelah wafatnya pada tahun 1971, posisi prosiden ini menjadi kosong hingga ditunjuknya Kardinal Luigi Ciappi, O.P. pada tahun 1979. Setelah wafatnya pada tahun 1996, akademi ini direformasi. Jabatan presiden akademi tidak lagi diserahkan kepada seorang Kardinal dan periode jabatannya menjadi lima tahun. Abelardo Lobato, O.P. menjadi presiden tahun 1999-2005.
Year Book, first edition, Pontificia Academia Sancti Thomae Aquinatis, Vatican City, 2001.
Yearbook, second edition, Pontificia Academia Sancti Thomae Aquinatis, Vatican City, 2007.
D. Berger, In dulcedine societatis quaerere veritatem. Zur Geschichte der Päpstlichen Akademie des hl. Thomas von Aquin. Doctor Angelicus II (2002), 135-180.
A. Piolanti, La Pontificia Academia Romana di S. Tommaso. Studi Tomistici 17 (1981) 223-235.