Di Makedonia Utara, agama yang paling banyak dianut adalah Kristen Ortodoks. Sebagian besar orang Kristen Ortodoks di negara tersebut mengikuti Gereja Ortodoks Makedonia yang sudah menyatakan keterpisahannya dari Gereja Ortodoks Serbia pada tahun 1967.
Islam adalah agama terbesar kedua di Makedonia Utara dan kebanyakan penganutnya adalah orang Albania, Rom, dan Turki. Terdapat pula kelompok agama minoritas lainnya di Makedonia Utara, seperti agama Katolik, Protestan, dan Yahudi.
Pada tahun 2011, menurut survei yang dilakukan oleh Ipsos MORI, 70,7% orang Makedonia Utara menganut agama Kristen, yang terbagi menjadi 69,6% Ortodoks Timur dan 0,4% Katolik dan Protestan, serta 28,6% Muslim, dan Muslim yang tidak terkait dengan mazhab apapun mencakup 25,6%.[2]